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ITP/TOP拓扑文件今日: 0|主题: 42|排名: 2

本模块 GROMACS 拓扑文件（ITP/TOP）相关交流，用于讨论拓扑生成、参数修改、力场配置、报错排查等问题，帮助大家正确构建与调试模拟体系。

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刘建川・GROMACS \| TOP/ITP文件讲解视频	admin 2026-3-16	191	HeliumArgon 3 天前
VMD 脚本统计指定 Z 区间氢键，脚本调试与运行问题求助	oeupsgp 2026-6-11	0180	oeupsgp 2026-6-11 11:45
grompp 报错体系总电荷非零，手动核算与软件结果偏差大求排查	coyvdhx 2026-6-11	0161	coyvdhx 2026-6-11 11:12
CO₂- 水体系交叉相互作用参数修改 GROMACS 实操求助	alskxi 2026-6-4	0172	alskxi 2026-6-4 14:44
蒙脱土拓扑文件获取全攻略	npttbo 2026-6-3	0168	npttbo 2026-6-3 16:46
Gromacs 蛋白 - 锌离子 - 配体水体系能量最小化仅 107 步未收敛，配位水分子重叠（已	hoypinf 2026-5-28	1176	lauthirteen 2026-6-3 10:50
求助：磷化物负载 PTFE 有机分子 + 水溶液体系能量最小化报错（原子无成键势 / 约束	gbnjbp 2026-6-2	1172	lauthirteen 2026-6-3 10:47
TIP3P水模型itp文件中键角项数量异常的原因与参数优先级	LunarWave 2026-5-21	1176	lauthirteen 2026-5-26 21:53
GROMOS 53A6 和 ATB 默认用的 GROMOS 54A7 力场差别大吗？跑 MD 的话，最终结果会不会	xuanyx 2026-4-30	1184	lauthirteen 2026-5-26 21:52
求助！！！！！！！！Zeo++画连通性拓步结构的问题	lucksanmu 2026-5-11	1188	lauthirteen 2026-5-26 21:38
通过 ATB 网站构建小分子的拓扑文件后，执行以下 grompp 命令：gmx grompp -f em.mdp	xuanyx 2026-4-30	1205	lauthirteen 2026-5-26 21:37
基于Martini力场的蛋白质粗粒化建模方法	EchoMist 2026-5-21	1121	lauthirteen 2026-5-26 21:36
分子模拟力场选择的相关问题咨询	ZhaoLiu_xyz 2026-5-22	1155	lauthirteen 2026-5-25 09:32
分子模拟中缺失的力场参数的获取与处理方案咨询	LiHua_888 2026-5-22	1105	lauthirteen 2026-5-25 09:31
执行晶胞定义时，出现警告：“WARNING: Bad box in file complex.gro”，这是什么原因	kuaij 2026-4-30	1168	lauthirteen 2026-5-12 09:58
求组：关于金属铋的力场	Lisy 2026-4-22	1154	lauthirteen 2026-4-22 10:03
复合物体系拓扑合并后，Total charge 不为整数，grompp 警告	sshipi 2026-4-15	1157	lauthirteen 2026-4-17 11:11
TOP 文件力场包含顺序不对，出现 Missing proper dihedrals	zchux 2026-4-15	1110	lauthirteen 2026-4-17 11:09
多次 include ITP 文件，出现 Duplicate moleculetype 重复定义	ehsw 2026-4-15	1128	lauthirteen 2026-4-17 11:08
小分子 ITP 导入后报错：Undefined atom type	renee 2026-4-15	1111	lauthirteen 2026-4-17 11:07

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