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模型构建 今日: 0|主题: 17|排名: 3 

本模块用于 GROMACS 模型构建 相关交流,包括蛋白 / 小分子 / 复合物建模、盒子搭建、溶剂化、加离子、初始结构处理等操作讨论与问题解决。
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小分子复合物建模,合并 ITP 拓扑后 grompp 直接报错 新人帖 New xhh 7 天前 112 lauthirteen 7 天前
gmx solvate 溶剂化报错,分子超出盒子,无法加水 新人帖 New lingc 7 天前 110 lauthirteen 7 天前
gromacs如何导入交联的分子结构 新人帖 fengqz 2026-3-25 138 lauthirteen 2026-3-25 12:00
求助:模拟MXene膜海水淡化过程.... 新人帖 ctcs 2026-3-23 137 admin 2026-3-23 14:38
Gromacs如何交联模拟(含视频) 精华 admin 2026-3-19 0103 admin 2026-3-19 18:08
想请问各位大佬我的蛋白缺失残基和原子是用chimerax修复的,跑md这个结果理想吗? Mirage 2026-3-16 243 lauthirteen 2026-3-16 18:07
磷酸铝的溶剂化模型搭建 新人帖 阿布拉卡 2026-3-14 033 阿布拉卡 2026-3-14 23:20
运行gromacs时候出现下面错误:One or more water molecules can not be settled ... xiaopacai 2026-3-10 158 lauthirteen 2026-3-10 14:36
错误:There are inconsistent shifts over periodic boundaries in a molecule type xiaopacai 2026-3-10 145 lauthirteen 2026-3-10 14:36
运行gromacs时候出现下面错误:OP3 in residue A 1 was not found in rtp entry RA5.. xiaopacai 2026-3-10 138 lauthirteen 2026-3-10 14:36
错误:Invalid order for directive [xxx] 18380446913 2026-3-10 138 lauthirteen 2026-3-10 14:35
错误:Energy minimization does not converge (Fmax not reached) 18380446913 2026-3-10 133 lauthirteen 2026-3-10 14:35
运行gromacs时候出现下面错误:Invalid line in [file.gro] for atom N 18380446913 2026-3-10 135 lauthirteen 2026-3-10 14:34
在genion命令后出现 “No more replaceable solvent!" 错误 18380446913 2026-3-10 139 lauthirteen 2026-3-10 14:33
运行gromacs时候gmx genion无法中和体系或找不到溶剂组 dongji 2026-3-10 127 lauthirteen 2026-3-10 14:33
错误:Out of memory dongji 2026-3-10 119 lauthirteen 2026-3-10 14:33
错误:Chain identifier 'X' was used in two non-sequential blocks。请问大家应该如 dongji 2026-3-10 118 lauthirteen 2026-3-10 14:32

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