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本模块用于 GROMACS 模型构建相关交流，包括蛋白 / 小分子 / 复合物建模、盒子搭建、溶剂化、加离子、初始结构处理等操作讨论与问题解决。

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公告: 6月GROMACS线上实战培训	admin 2026-5-25

反式 β 折叠短肽自组装纳米管该如何建模？ New	atfvtxd 6 天前	126	lauthirteen 1 小时前
求助：CCDC 1495519 有机晶体 CIF 导入 MS 异常（硝基键级错 / 原子重叠），如何正确 New	lswdteu 5 天前	130	lauthirteen 1 小时前
请问怎么判断分子间距在合理范围 New	iqehkztd 昨天 13:45	117	lauthirteen 1 小时前
双层PTFE聚合物摩擦模拟的载荷换算与摩擦力计算方法	hansu 2026-5-21	133	lauthirteen 2026-5-26 21:51
含离子的水溶液体系中水的蒸发焓计算方法	xiaoqiu 2026-5-21	131	lauthirteen 2026-5-26 21:49
分子模拟与计算化学相关的forcite模块，小分子不与磷脂膜作用问题咨询	LiuBa_999 2026-5-22	130	lauthirteen 2026-5-25 15:49
分子模拟与计算化学相关的粗粒化组装成球的细节问题问题咨询	YangJiu_666 2026-5-22	132	lauthirteen 2026-5-25 09:33
请问高斯 / ORCA 优化后为啥要算 RESP 电荷？对 MD 有啥用？	shouss 2026-5-13	148	lauthirteen 2026-5-19 09:33
各位老师好，我目前想做二氧化硅相关模拟,请问有没有相关资料？谢谢	zhidun3 2026-5-11	133	lauthirteen 2026-5-12 10:02
目前我使用的是 RTX 3080 Ti 显卡，主要用于运行 GROMACS 进行蛋白质对接计算........	lilis 2026-4-27	141	lauthirteen 2026-4-29 08:43
我用 Packmol 构建了一个模拟盒：盒子中心是硫酸铵团簇，水分子分......	xuanwu2 2026-4-21	148	lauthirteen 2026-4-23 10:42
Gromacs可以模拟双配体的动力学模拟吗，有操作教程吗	xuanwu2 2026-4-21	149	lauthirteen 2026-4-23 10:41
磷酸铝的溶剂化模型搭建	阿布拉卡 2026-3-14	173	lauthirteen 2026-4-17 10:57
小分子复合物建模，合并 ITP 拓扑后 grompp 直接报错	xhh 2026-4-7	149	lauthirteen 2026-4-7 16:43
gmx solvate 溶剂化报错，分子超出盒子，无法加水	lingc 2026-4-7	156	lauthirteen 2026-4-7 16:42
gromacs如何导入交联的分子结构	fengqz 2026-3-25	181	lauthirteen 2026-3-25 12:00
求助：模拟MXene膜海水淡化过程....	ctcs 2026-3-23	173	admin 2026-3-23 14:38
Gromacs如何交联模拟（含视频）	admin 2026-3-19	0215	admin 2026-3-19 18:08
想请问各位大佬我的蛋白缺失残基和原子是用chimerax修复的，跑md这个结果理想吗？	Mirage 2026-3-16	289	lauthirteen 2026-3-16 18:07
运行gromacs时候出现下面错误：One or more water molecules can not be settled ...	xiaopacai 2026-3-10	1129	lauthirteen 2026-3-10 14:36

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