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各位老师好，我目前想做二氧化硅相关模拟,请问有没有相关资料？谢谢	zhidun3 2026-5-11	1209	lauthirteen 2026-5-12 10:02
目前我使用的是 RTX 3080 Ti 显卡，主要用于运行 GROMACS 进行蛋白质对接计算........	lilis 2026-4-27	1235	lauthirteen 2026-4-29 08:43
我用 Packmol 构建了一个模拟盒：盒子中心是硫酸铵团簇，水分子分......	xuanwu2 2026-4-21	1242	lauthirteen 2026-4-23 10:42
Gromacs可以模拟双配体的动力学模拟吗，有操作教程吗	xuanwu2 2026-4-21	1211	lauthirteen 2026-4-23 10:41
磷酸铝的溶剂化模型搭建	阿布拉卡 2026-3-14	1226	lauthirteen 2026-4-17 10:57
小分子复合物建模，合并 ITP 拓扑后 grompp 直接报错	xhh 2026-4-7	1212	lauthirteen 2026-4-7 16:43
gmx solvate 溶剂化报错，分子超出盒子，无法加水	lingc 2026-4-7	1281	lauthirteen 2026-4-7 16:42
gromacs如何导入交联的分子结构	fengqz 2026-3-25	1265	lauthirteen 2026-3-25 12:00
求助：模拟MXene膜海水淡化过程....	ctcs 2026-3-23	1281	admin 2026-3-23 14:38
Gromacs如何交联模拟（含视频）	admin 2026-3-19	0549	admin 2026-3-19 18:08
想请问各位大佬我的蛋白缺失残基和原子是用chimerax修复的，跑md这个结果理想吗？	Mirage 2026-3-16	2274	lauthirteen 2026-3-16 18:07
运行gromacs时候出现下面错误：One or more water molecules can not be settled ...	xiaopacai 2026-3-10	1365	lauthirteen 2026-3-10 14:36
错误：There are inconsistent shifts over periodic boundaries in a molecule type	xiaopacai 2026-3-10	1311	lauthirteen 2026-3-10 14:36
运行gromacs时候出现下面错误：OP3 in residue A 1 was not found in rtp entry RA5..	xiaopacai 2026-3-10	1226	lauthirteen 2026-3-10 14:36
错误：Invalid order for directive [xxx]	18380446913 2026-3-10	1156	lauthirteen 2026-3-10 14:35
错误：Energy minimization does not converge (Fmax not reached)	18380446913 2026-3-10	1139	lauthirteen 2026-3-10 14:35
运行gromacs时候出现下面错误：Invalid line in [file.gro] for atom N	18380446913 2026-3-10	1208	lauthirteen 2026-3-10 14:34
在genion命令后出现 “No more replaceable solvent!" 错误	18380446913 2026-3-10	1240	lauthirteen 2026-3-10 14:33
运行gromacs时候gmx genion无法中和体系或找不到溶剂组	dongji 2026-3-10	1141	lauthirteen 2026-3-10 14:33
错误：Out of memory	dongji 2026-3-10	1124	lauthirteen 2026-3-10 14:33

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