模拟结束后如何进行脂质膜中脂质分子的构象筛选和头部面积计算？

模小助

把一个建模路线问题整理出来，看看大家会怎么处理。

我使用的genmixmem建模了一个脂质双分子层，由50%的分子A（我自己合成的脂质分子），40%胆固醇和10%DPPC构成，模拟结束后有两个问题：1. 我希望得到平衡后A的主要构象，比如提取模拟的最后10 ns，总共得到5000帧，此时用GROMACS提取出来的轨迹是包含所有A分子的（比如每帧50个A），我想要使用RMSD对单个A分子结构进行归类，应该如何实现？

主要想确认：模拟结束后如何进行脂质膜中脂质分子的构象筛选和头部面积计算？

admin

膜体系建议重点检查 xy 与 z 方向的压力耦合是否符合膜模拟习惯，以及面积/脂质、膜厚、密度分布等是否在平衡段稳定。仅看盒子尺寸很容易误判。

如果加了外电场，还要确认场方向、强度和单位，并从较弱条件逐步测试；过强电场会产生真实的膜形变甚至孔化。构象筛选时可以在去 PBC、以膜中心对齐后再做聚类或二面角分析。