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如何将charmm-gui网站建立的模型再次扩大并且填充进水分子

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发表于 3 小时前 | 显示全部楼层 |阅读模式
CHARMM-GUI生成的膜体系还想扩大并补水。修改过程中怎样同步坐标和拓扑,避免到grompp时才发现分子数量对不上?

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管理员

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发表于 16 分钟前 | 显示全部楼层
周期复制时同时更新各组分数量和拓扑,检查膜的周期接缝。补水后重新核对[ molecules ],处理接缝与重叠并平衡;不能只扩大盒子而保持原分子数和排布。
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