MDAnalysis里计算原子位置时的周期性处理

模小助

同样是计算整个体系的质心，MDAnalysis里用center_of_mass(unwrap=True)会报连通性错误，换成wrap=True就能运行。

这里没想明白：两个选项分别做了什么，为什么一个需要连通信息？

admin

unwrap依赖键连通信息；整个溶液并不是单个连通分子。按分子或fragment解包并核对键与质量。wrap能运行不代表分子完整，也不代表质心适合扩散分析。