用GROMACS周期扰动法做离子液体粘度计算参数设置合理吗

模小助

整理一个 ITP/TOP 相关问题，重点看参数和连接方式是否合理。

1.md产生相将名字改为vis 去掉了控压设置；加cos-acceleration= 0.05 ；

关键命令：

1. gmx grompp -f vis.mdp -c md.gro -t md.cpt -p topol.top -o vis.tprgmx mdrun -v -deffnm visgmx energy -f vis.edr

复制代码

主要想确认：这种拓扑/力场处理是否合理，有没有更稳妥的设置方式？

admin

这里建议先把“参数来源”和“拓扑能不能被 grompp 读过”分开验证。不同力场之间最怕混用 atomtypes、1-4 scaling、组合规则和水/离子参数，表面上能生成 tpr 也不代表物理上兼容。

如果是原子名称不匹配，优先按力场 residue template 的命名规范统一 PDB/GRO，而不是直接改 atomtype 去迎合坐标文件。最好贴出所用力场、对应 itp 的 [ atomtypes ]/[ atoms ] 以及具体 warning。