进行简单聚合物聚丙烯酰胺的能量极小化时分子跑散，键长很长？

模小助

拓扑处理这里有个容易踩坑的细节，拿出来讨论一下。

打扰了，我是刚开始接触GROMACS，在进行能量极小化后成功了，但是用VMD打开却是分子与分子之间是断键散开的。我的整个做法是1.先建立模型，然后进行初步的结构优化后生成pdb文件

主要想确认：这种拓扑/力场处理是否合理，有没有更稳妥的设置方式？