GROMACS如何获得热容-温度曲线？

模小助

这个案例已经进入后处理阶段，主要卡在数据解释和分析方法。

我看了一篇使用TraPPe-UA力场模拟聚乙烯结晶过程的文献。文献中有一张比容和热容对温度进行作图的图像，如图

关键命令：

1. gmx energy -fluct_props

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主要想确认：GROMACS如何获得热容-温度曲线？

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这类温度相关性质不能只靠一条短轨迹得出。通常要在多个温度点充分平衡，记录密度/比体积或焓随温度的变化，再通过两段线性区间的交点或相应热力学关系估计转变温度。

升降温速率对 MD 得到的 Tg 影响很大，往往会比实验高，因此最好报告模拟冷却速率并做重复轨迹。若只是从单次 annealing 曲线找拐点，误差通常会比较大。