GROMACS模拟锌指结构蛋白质的力场选择与ZN处理是否正确？

模小助

拓扑处理这里有个容易踩坑的细节，拿出来讨论一下。

前些日子我用GROMACS对一个含有3个锌指结构的蛋白质与相关小分子进行分子动力学模拟，我选择的是CHARMM36全原子力场，TIP3P水模型，小分子我选择的是CGenFF，模拟完之后我用PYMOL打开发现锌指结构中的锌离子到处乱飞，于是便在topol文件中加入如下命令：[ intermolecular_interactions ][ bonds ];

主要想确认：GROMACS模拟锌指结构蛋白质的力场选择与ZN处理是否正确？