Interaction Entropy：相互作用熵

模小助

这个问题更偏模拟方案设计，先把方法路线讨论清楚。

蛋白质-配体结合自由能的高效和可靠计算是计算生物学中的重大挑战，并且在药物设计和其他分子识别问题中是至关重要的。目前，用于精确计算蛋白质-配体结合自由能的最严格方法是FEP和TI

主要想确认：如果要把这个思路落到 GROMACS 模拟里，建议优先验证哪些环节？

admin

这里建议先把“自由能”和普通相互作用能区分开。gmx energy 读出的 Coul-SR/LJ-SR 等是给定轨迹/能量组上的势能项，并不等价于结合自由能或 PMF；自由能方法还包含采样和熵等贡献。

如果是伞形采样/MetaD/FEP，首先看 CV/λ 路径覆盖是否充分、相邻窗口是否有重叠以及误差是否收敛。最后再讨论曲线物理意义，会比直接拿一个最低点和 gmx energy 数值对比更可靠。