GROMACS 科研实战小班 · 2026 10月班

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2026 年 10 月 23 日—25 日 GROMACS 科研实战小班 · 2026 秋季班

北大博士后亲授｜超算实操｜学员课题讨论｜长期答疑

照着教程运行 pdb2gmx、grompp、mdrun，把一个标准案例跑起来，很多人都能做到。真正开始做自己的课题以后，问题才会出现：

体系到底应该怎么建？力场应该怎么选？TOP、ITP 里的参数到底是什么意思？自己的分子没有现成参数怎么办？换成界面、蛋白、膜、高分子、DNA/RNA，又该从哪里开始？

很多人真正卡住的，并不是“不会运行 GROMACS”。

而是：会做案例，但不会迁移到自己的科研课题。所以这一次，我们不想再做一门“命令大全”。我们更希望用 3 天时间，帮助你建立一套能够迁移到自己课题中的分子动力学模拟方法。

本期特别设置： DAY 3 下午｜学员课题讨论

学会老师准备好的案例，并不是课程的终点。

因为真正回到实验室以后，你面对的不是“老师的体系”，而是：

你的分子、你的材料、你的蛋白、你的参数、你的科研问题

所以，本期课程在第三天下午专门设置了学员课题讨论环节。

课前收集学员研究方向

↓

选取具有代表性的课题

↓

课堂拆解模拟思路

↓

讨论体系构建、力场选择和数据分析方案

同时，结合其他学员的研究方向，对实际课题中的模拟思路进行课堂交流与分析。

我们希望这 3 天最后能够完成一个非常重要的转变：

从“老师的案例”，真正走向“自己的课题”。

真正好的科研培训，不应该只告诉你“这个案例怎么做”。

更应该帮助你逐渐知道：面对自己的科研问题，应该从哪里开始。

当然，讨论自己的课题，并不意味着老师直接替你把整个课题做完。

真正重要的是：

先建立判断一个模拟问题所需要的基本能力。

懂原理 → 会建模 → 能计算 → 会分析 → 懂力场 → 回到自己的课题

课程从分子动力学基本原理开始，再进入 Linux、GROMACS 输入输出文件、力场、TOP/ITP 和多种建模方法；

随后进入真实体系模拟、数据分析、高级力场以及复杂科研体系。

我们真正想建立的，不是某一个案例的操作记忆。

而是一套完整的科研工作流。

DAY 1｜看懂它

为什么要能量最小化？为什么需要温度、压力平衡？积分步长为什么不能随便设置？力场、TOP、ITP 分别在控制什么？

第一天，从分子动力学基本原理、Linux 和 GROMACS 文件开始，再进入力场与体系建模。

先知道为什么，再知道怎么做。DAY 2｜跑通它

第二天开始进入真实科研体系：

纯相、多相、界面、表面活性剂、物理场，以及石墨烯、纳米管、二氧化硅等模型。

然后继续进入数据分析：

RDF、配位数、扩散系数、介电常数、密度、压力、表面张力、氢键、结构分布、二维密度、空间分布……

因为真正有意义的，从来不是一句：

“我的 MD 跑完了。”

而是：

“这个轨迹，到底能回答什么问题？”DAY 3｜驾驭它

真正做自己的科研以后，标准教程往往不够用了。

第三天继续进入：

AmberTools / GAFF、自定义力场、量子化学参数拟合、二面角参数拟合、粗粒化模拟、非标准残基力场

以及：

蛋白、蛋白-配体、生物膜、膜蛋白、高分子、DNA/RNA 等复杂体系。

真正的进阶，不是多记几条命令。

而是：

换了一个体系以后，你仍然知道应该从哪里开始。

而第三天下午，我们会把前面建立起来的方法，进一步带回到学员自己的课题。

课程只有 3 天但科研问题不会只出现 3 天

所以除了课堂本身，本期课程还配套：

🖥 专属超算实操

培训期间开通专属超算资源，直接上机操作。

🎬 课程完整回放

重要流程、参数设置和分析方法，可以课后继续复盘。

📚 完整学习资料

配套课程课件、建模案例和数据分析资料，方便课后继续学习。

💬 永久学员交流群

培训结束以后，后续科研中的建模、模拟、报错和数据分析问题，仍然可以继续交流。

谁来讲？刘建川｜北京大学博士后

14 年 GROMACS 分子动力学科研与教学经验。

在 JACS、Advanced Functional Materials、Macromolecules、Solar RRL、JPCC、Langmuir 等国际 SCI 期刊发表科研成果。

这门课程不是按照“命令大全”设计。

而是按照一项真实科研工作的逻辑展开：

原理 → 建模 → 力场 → 模拟 → 分析 → 复杂体系 → 自己的课题两种学习方式💻 线上直播班

适合希望节省差旅、系统完成课程的学员。

同步直播｜实时提问｜超算实操｜课程回放｜长期社群

线上课堂支持实时互动和现场答疑。

🏫 成都线下小班

如果你希望面对面交流，尤其希望深入讨论自己的课题，可以选择线下班。

小班授课｜逐人实操指导｜现场排错｜课题交流｜一对一沟通

线下班安排更深入的实操辅导和课题研讨。

说明：成都线下班需满 10 人正式开班；若预约人数未达到开班标准，将提前沟通并调整至同期线上班。

哪些人更适合这次课程？

如果你：

• 零基础，希望系统学习 GROMACS；
• 已经会一些命令，但完整流程串不起来；
• 标准案例会做，换成自己的体系就不知道怎么做；
• 经常卡在 TOP / ITP、小分子参数或力场问题；
• 模拟已经跑完，却不知道应该分析什么；
• 正在做材料、化学、界面、蛋白、膜、高分子、DNA/RNA 等体系；
• 希望进一步学习自定义力场、粗粒化或非标准残基等内容；
• 希望结合自己的研究方向，与老师讨论模拟思路。
  

那么这期课程会比较适合你。

我们不希望你学完以后只能说：

“这个案例，我跟老师做过。”

更希望以后面对一个新的科研体系时，你能够：

知道从哪里开始、知道为什么这样做、也知道下一步应该往哪里走。📩 预报名 / 课程咨询

微信：simuhomesci

QQ：2075942676