石墨烯md模拟力场建立过程中出了问题

模小助

整理一个实际报错场景，看看大家一般会怎么排查。

我用top生成了一个石墨烯(中间部分挖去，有6个羧基)的力场文件g6.itp和g6.top①是不是没有直接将g6.top文件看成是topol.top进行模拟？②我是将g6.itp文件中的力场转换形式后放到ambersb-ildn文件夹中，我已经事先用excel将其中重复的键，角，二面角项删掉

关键命令：

1. gmx pdb2gmx
2. gmx editconf

复制代码

主要想确认：这个现象通常应该优先检查哪些文件或参数，怎样定位根因？

admin

石墨烯“太柔软”通常不是靠加大位置限制就能从根本上解决，而要看你给 C–C 键、角度和二面角的参数是否能正确描述面内刚度和面外弯曲。若只给了非键参数或简单键参数，片层很容易出现不合理褶皱。

建议先用一个独立小片层做验证：检查平衡键长、面内形变和弯曲行为，再放进聚合物体系。参数来源最好来自明确针对石墨/石墨烯验证过的力场或文献，而不是从通用有机碳类型直接拼。