GROMACS中的rmsd和rmsf的

模小助

整理一个实际报错场景，看看大家一般会怎么排查。

在完成分子动力学模拟后，我得到了轨迹文件md_0_100.xtc，此时我又运行了以下命令校正周期性边界，执行旋转和平移拟合1. 选择 1“Protein” for centering ;

关键命令：

1. gmx trjconv -s md_0_100.tpr -f md_0_100.xtc -o md_0_100_center.xtc -center -pbc mol -ur compact
2. gmx trjconv -s md_0_100.tpr -f md_0_100_center.xtc -o md_0_100_fit.xtc -fit rot+trans

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主要想确认：这个现象通常应该优先检查哪些文件或参数，怎样定位根因？