蛋白对接后 MD 模拟结合位点与实验已知位点不符，该如何优化？

ydllql

各位做蛋白 - 蛋白相互作用模拟的前辈、大佬好！

我最近在做两个蛋白的复合物模拟，遇到了结合位点对不上的问题，想请教大家该怎么调整更合适。

我先通过蛋白对接软件对两个蛋白进行对接，之后选用了对接得分最高的构象，跑了 400ns 的 MD 模拟。
模拟时在 mdp 里设置了：
comm-grps = protein
comm-mode = angular
用来限制整个复合物的平动和转动，之后根据 RMSD 等结果判断体系已经达到平衡。

但问题来了：
我对轨迹做能量分解后发现，模拟里起主要结合作用的残基、以及相互作用位点，和实验 / 文献已经报道的真实结合位点相差比较大，结果不太可信。

我自己想了几个可能的改进方向：

• 不限制整个蛋白复合物，改成只限制受体蛋白的平动和转动
• 重新做对接，不再只看打分最高，而是优先选和已知结合位点更接近的构象继续模拟
• 干脆不用预对接，直接把两个蛋白按合理位置放进盒子里，跑模拟看自发结合
  

想问问大家：
这几种思路哪种更靠谱？或者有没有其他更合理的处理办法、分析上的建议？
非常感谢各位指点！