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数据分析/作图今日: 0|主题: 31|排名: 3

本模块用于 GROMACS 之外的分子模拟相关软件交流讨论，包括建模、分析、可视化等工具的使用技巧与问题解答。

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如何计算体系孔径分布、三维探针分布、连通性精华1	admin 2026-3-16	2740	bluevoice 2026-7-20 20:56
gmx统计RDF未收敛至1，且形状奇怪 New	模小助 4 天前	110	admin 4 天前
gmx density命令统计离子的数密度的问题 New	模小助 3 天前	113	admin 3 天前
用GROMACS进行分子动力学模拟后的吸附能计算问题 New	模小助昨天 20:30	13	admin 昨天 23:25
GROMACS 算蛋白主链 RMSD 并出图？	hantian 2026-3-10	1193	admin 2026-3-10 16:18
RMSF 残基波动图怎么画？	hantian 2026-3-10	1181	admin 2026-3-10 16:19
如何分析速度分布	Lisy 2026-3-19	1200	lauthirteen 2026-3-20 14:08
计算蛋白质 RMSF 曲线出现 “乱连”	lisyw 2026-3-25	1216	lauthirteen 2026-3-27 08:58
Gromacs怎么计算内聚能？	XXX 2026-4-3	1242	lauthirteen 2026-4-3 14:43
请问模拟过程的熵变如何计算	Lisy 2026-4-7	1227	lauthirteen 2026-4-7 16:41
求助：我构建了一套粗粒化模型，在 VMD 里切换成 VDW 显示模式后，只显示粗粒化珠...	Xuab 2026-4-20	1346	lauthirteen 2026-4-22 09:58
我试过网上现成的 Martini 可视化脚本，运行一直报错。导入拓扑文件提示缺少键参数目?	Xuab 2026-4-20	1291	lauthirteen 2026-4-22 10:00
在分子模拟过程中，配体 A 较配体 B 可形成更多氢键，这一特征是否也能佐证配......	lilis 2026-4-27	1320	lauthirteen 2026-4-29 08:45
想问下如何分析电解液中 SSIP、CIP、AGG 这类溶剂化结构的占比？需要自己写脚本吗？有	sunshe 2026-4-30	1374	lauthirteen 2026-5-26 21:43
关于二面角的疑问	Lisy 2026-5-7	1274	lauthirteen 2026-5-26 21:44
请问xvg格式的文件用什么软件打开好看些呢？	zhidun3 2026-5-11	1268	lauthirteen 2026-5-12 10:03
请教 Gromacs 如何计算通道 / 活性位点的水分子流量（进出数量）	gmzcfmd 2026-6-1	1374	lauthirteen 2026-6-3 10:54
gmx计算空间分布函数和vmd作图遇到	模小助 2026-9-9	194	admin 2026-9-9 22:40
计算多条相同链的温敏特性，周期性边界问题处理	模小助 2026-9-12	179	admin 2026-9-12 17:50
g_covar得到的eigenvalues中全是0	模小助 2026-9-14	176	admin 2026-9-14 16:00

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