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本模块用于 GROMACS 之外的分子模拟相关软件交流讨论，包括建模、分析、可视化等工具的使用技巧与问题解答。

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公告: 6月GROMACS线上实战培训	admin 2026-5-25

GROMACS 算蛋白主链 RMSD 并出图？	hantian 2026-3-10	151	admin 2026-3-10 16:18
RMSF 残基波动图怎么画？	hantian 2026-3-10	165	admin 2026-3-10 16:19
如何计算体系孔径分布、三维探针分布、连通性精华1	admin 2026-3-16	1153	lucksanmu 2026-5-11 14:22
如何分析速度分布	Lisy 2026-3-19	163	lauthirteen 2026-3-20 14:08
计算蛋白质 RMSF 曲线出现 “乱连”	lisyw 2026-3-25	142	lauthirteen 2026-3-27 08:58
Gromacs怎么计算内聚能？	XXX 2026-4-3	162	lauthirteen 2026-4-3 14:43
请问模拟过程的熵变如何计算	Lisy 2026-4-7	157	lauthirteen 2026-4-7 16:41
求助：我构建了一套粗粒化模型，在 VMD 里切换成 VDW 显示模式后，只显示粗粒化珠...	Xuab 2026-4-20	158	lauthirteen 2026-4-22 09:58
我试过网上现成的 Martini 可视化脚本，运行一直报错。导入拓扑文件提示缺少键参数目?	Xuab 2026-4-20	145	lauthirteen 2026-4-22 10:00
在分子模拟过程中，配体 A 较配体 B 可形成更多氢键，这一特征是否也能佐证配......	lilis 2026-4-27	151	lauthirteen 2026-4-29 08:45
想问下如何分析电解液中 SSIP、CIP、AGG 这类溶剂化结构的占比？需要自己写脚本吗？有	sunshe 2026-4-30	153	lauthirteen 2026-5-26 21:43
关于二面角的疑问	Lisy 2026-5-7	138	lauthirteen 2026-5-26 21:44
请问xvg格式的文件用什么软件打开好看些呢？	zhidun3 2026-5-11	154	lauthirteen 2026-5-12 10:03
请教 Gromacs 如何计算通道 / 活性位点的水分子流量（进出数量） New	gmzcfmd 前天 11:12	130	lauthirteen 2 小时前
我的 RMSD 图一直往上飘、不平稳，是模拟崩了吗？	hantian 2026-3-10	058	hantian 2026-3-10 15:46
怎么算蛋白回旋半径 Rg（紧凑度）并作图？	hantian 2026-3-10	051	hantian 2026-3-10 15:47
求助：能否将 gromacs 的 densmap 命令产生的.xpm 文件转化成能用于 origin 画图的数	Vex 2026-3-13	058	Vex 2026-3-13 11:17
Gromacs：计算锂离子 msd（均方位移）时 msd 出现了降低的现象？	Solstice 2026-3-13	060	Solstice 2026-3-13 11:27
如何将 GROMACS 的 xtc 轨迹文件？	Solstice 2026-3-13	052	Solstice 2026-3-13 11:31
多体系分子动力学轨迹PCA分析的参考结构选择方法	yuntian 2026-5-21	030	yuntian 2026-5-21 21:51

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