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本模块用于 GROMACS 模型构建相关交流，包括蛋白 / 小分子 / 复合物建模、盒子搭建、溶剂化、加离子、初始结构处理等操作讨论与问题解决。

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想请问各位大佬我的蛋白缺失残基和原子是用chimerax修复的，跑md这个结果理想吗？	Mirage 2026-3-16	2274	lauthirteen 2026-3-16 18:07
如何根据蛋白的生物特性计算建模需要的参数？ New	模小助 6 天前	127	admin 6 天前
gmx跑蛋白-小分子的md时是否需要将小分子用量化计算后再跑？ New	模小助 5 天前	124	admin 5 天前
油-水-表面活性剂体系如何建模以定量分析表活剂浓度对界面张力的影响？ New	模小助前天 14:25	18	admin 前天 17:10
GROMACS跑蛋白加DNA的体系结构优化之后，DNA在pymol中显示不完整 New	模小助昨天 14:05	14	admin 昨天 16:20
错误：Chain identifier 'X' was used in two non-sequential blocks。请问大家应该如	dongji 2026-3-10	1132	lauthirteen 2026-3-10 14:32
错误：Out of memory	dongji 2026-3-10	1124	lauthirteen 2026-3-10 14:33
运行gromacs时候gmx genion无法中和体系或找不到溶剂组	dongji 2026-3-10	1141	lauthirteen 2026-3-10 14:33
在genion命令后出现 “No more replaceable solvent!" 错误	18380446913 2026-3-10	1240	lauthirteen 2026-3-10 14:33
运行gromacs时候出现下面错误：Invalid line in [file.gro] for atom N	18380446913 2026-3-10	1208	lauthirteen 2026-3-10 14:34
错误：Invalid order for directive [xxx]	18380446913 2026-3-10	1156	lauthirteen 2026-3-10 14:35
错误：Energy minimization does not converge (Fmax not reached)	18380446913 2026-3-10	1139	lauthirteen 2026-3-10 14:35
运行gromacs时候出现下面错误：OP3 in residue A 1 was not found in rtp entry RA5..	xiaopacai 2026-3-10	1226	lauthirteen 2026-3-10 14:36
错误：There are inconsistent shifts over periodic boundaries in a molecule type	xiaopacai 2026-3-10	1311	lauthirteen 2026-3-10 14:36
运行gromacs时候出现下面错误：One or more water molecules can not be settled ...	xiaopacai 2026-3-10	1365	lauthirteen 2026-3-10 14:36
磷酸铝的溶剂化模型搭建	阿布拉卡 2026-3-14	1226	lauthirteen 2026-4-17 10:57
求助：模拟MXene膜海水淡化过程....	ctcs 2026-3-23	1281	admin 2026-3-23 14:38
gromacs如何导入交联的分子结构	fengqz 2026-3-25	1265	lauthirteen 2026-3-25 12:00
小分子复合物建模，合并 ITP 拓扑后 grompp 直接报错	xhh 2026-4-7	1212	lauthirteen 2026-4-7 16:43
gmx solvate 溶剂化报错，分子超出盒子，无法加水	lingc 2026-4-7	1281	lauthirteen 2026-4-7 16:42

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