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本模块用于 GROMACS 模型构建相关交流，包括蛋白 / 小分子 / 复合物建模、盒子搭建、溶剂化、加离子、初始结构处理等操作讨论与问题解决。

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公告: 6月GROMACS线上实战培训	admin 2026-5-25

想请问各位大佬我的蛋白缺失残基和原子是用chimerax修复的，跑md这个结果理想吗？	Mirage 2026-3-16	291	lauthirteen 2026-3-16 18:07
错误：Chain identifier 'X' was used in two non-sequential blocks。请问大家应该如	dongji 2026-3-10	137	lauthirteen 2026-3-10 14:32
错误：Out of memory	dongji 2026-3-10	133	lauthirteen 2026-3-10 14:33
运行gromacs时候gmx genion无法中和体系或找不到溶剂组	dongji 2026-3-10	148	lauthirteen 2026-3-10 14:33
在genion命令后出现 “No more replaceable solvent!" 错误	18380446913 2026-3-10	163	lauthirteen 2026-3-10 14:33
运行gromacs时候出现下面错误：Invalid line in [file.gro] for atom N	18380446913 2026-3-10	171	lauthirteen 2026-3-10 14:34
错误：Invalid order for directive [xxx]	18380446913 2026-3-10	168	lauthirteen 2026-3-10 14:35
错误：Energy minimization does not converge (Fmax not reached)	18380446913 2026-3-10	148	lauthirteen 2026-3-10 14:35
运行gromacs时候出现下面错误：OP3 in residue A 1 was not found in rtp entry RA5..	xiaopacai 2026-3-10	180	lauthirteen 2026-3-10 14:36
错误：There are inconsistent shifts over periodic boundaries in a molecule type	xiaopacai 2026-3-10	195	lauthirteen 2026-3-10 14:36
运行gromacs时候出现下面错误：One or more water molecules can not be settled ...	xiaopacai 2026-3-10	1131	lauthirteen 2026-3-10 14:36
磷酸铝的溶剂化模型搭建	阿布拉卡 2026-3-14	173	lauthirteen 2026-4-17 10:57
求助：模拟MXene膜海水淡化过程....	ctcs 2026-3-23	174	admin 2026-3-23 14:38
gromacs如何导入交联的分子结构	fengqz 2026-3-25	181	lauthirteen 2026-3-25 12:00
小分子复合物建模，合并 ITP 拓扑后 grompp 直接报错	xhh 2026-4-7	149	lauthirteen 2026-4-7 16:43
gmx solvate 溶剂化报错，分子超出盒子，无法加水	lingc 2026-4-7	157	lauthirteen 2026-4-7 16:42
Gromacs可以模拟双配体的动力学模拟吗，有操作教程吗	xuanwu2 2026-4-21	150	lauthirteen 2026-4-23 10:41
我用 Packmol 构建了一个模拟盒：盒子中心是硫酸铵团簇，水分子分......	xuanwu2 2026-4-21	148	lauthirteen 2026-4-23 10:42
目前我使用的是 RTX 3080 Ti 显卡，主要用于运行 GROMACS 进行蛋白质对接计算........	lilis 2026-4-27	143	lauthirteen 2026-4-29 08:43
各位老师好，我目前想做二氧化硅相关模拟,请问有没有相关资料？谢谢	zhidun3 2026-5-11	135	lauthirteen 2026-5-12 10:02

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