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GROMACS出现错误，提示在.mdp文件中的Group，在输入文件中匹配不到？ New	模小助 6 天前	138	admin 6 天前
gmx hbond计算氢键出现边缘网格内存分配缺陷错误：415/905段错误 (核心已转储)？ New	模小助 5 天前	121	admin 5 天前
以GPU跑MD时，thread不能pin到CPU core上（提示thread pinning disabled） New	模小助 4 天前	118	admin 4 天前
进行grompp时警告，不知道是否忽视+mdrun时怎么能跑满20线程？ New	模小助 3 天前	114	admin 3 天前
gmx报错提示CUDA error #700？ New	模小助前天 10:05	112	admin 前天 12:15
在使PLUMED对GROMACS的轨迹文件做元动力学时，必须将命令写一起吗 New	模小助昨天 09:35	15	admin 昨天 11:15
错误：Segmentation fault (core dumped)	dongji 2026-3-10	1338	lauthirteen 2026-3-10 14:27
错误：Step X: Some atoms have moved too far 或 LINCS WARNING: relative coordinat	dongji 2026-3-10	1281	lauthirteen 2026-3-10 14:28
错误：Fatal error: The total potential energy is nan/inf	dongji 2026-3-10	1313	lauthirteen 2026-3-10 14:28
运行gromacs时候出现下面错误：Cannot allocate memory	18380446913 2026-3-10	1246	lauthirteen 2026-3-10 14:29
错误：Only triclinic boxes with the first vector parallel to the x-axis and the	18380446913 2026-3-10	1403	lauthirteen 2026-3-10 14:29
运行gromacs时候出现下面错误：Atom index n in position_restraints out of bounds	18380446913 2026-3-10	1358	lauthirteen 2026-3-10 14:29
Fatal error: number of coordinates in coordinate file (xx.gro, N) does not match	xiaopacai 2026-3-10	1356	lauthirteen 2026-3-10 14:30
错误：Invalid order for directive 'xxx'	xiaopacai 2026-3-10	1254	lauthirteen 2026-3-10 14:30
运行gromacs时候出现下面错误：There are probably atoms missing earlier in the pdb	xiaopacai 2026-3-10	1312	lauthirteen 2026-3-10 14:31
安装后无法运行 gmx 命令。请问大家应该如何解决呢？	xiaopacai 2026-3-10	1325	lauthirteen 2026-3-10 14:31
配置GPU加速时失败，提示CUDA架构不支持或版本不匹配	xiaopacai 2026-3-10	1390	lauthirteen 2026-3-10 14:31
用 GROMACS 计算 Zn²⁺ 与小分子氧原子的 RDF，结果如何判断是否合理？	luxiaot 2026-3-18	1405	lauthirteen 2026-3-19 10:07
模拟报错	糯米糖葫芦 2026-3-19	1379	lauthirteen 2026-3-20 12:55
老师我在进行npt平衡时出现了这个问题请问是什么原因呢	114511 2026-3-30	1351	lauthirteen 2026-3-30 10:23

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