如何模拟不同pH下的氨基酸表活剂

模小助

氨基酸表面活性剂在不同pH下的聚集行为，建模时该如何区分各个条件？分子的质子化和体系组成应该怎样准备？

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按pKa和目标pH构建适当质子化状态或物种比例，使用一致参数并加入相应抗衡离子。普通固定拓扑MD不会自动酸碱转化，需明确各pH模型的近似。