使用Sobtop获取胶原的力场参数，GROMACS运行出现问题

模小助

胶原结构用Sobtop生成参数后，运行不稳定。

想确认一个建模思路：整条蛋白能按普通小分子来参数化吗，还是应该换准备方式？

admin

标准蛋白优先用相应生物力场，羟脯氨酸等再补兼容参数。检查三股螺旋、残基识别及坐标单位；几何优化或手工改元素标签不能代替蛋白拓扑准备。