如何计算模拟盒子中的分子个数？

模小助

这个案例还在前处理/建模阶段，想先把构建思路确认清楚。

初学GROMACS，我在按照文献给出的盒子大小进行建模时，发现自己用N=c×V×NA和N=ρ×V÷M×NA计算得到的分子数和文献给出的数字对不上。尝试算了两篇文献，第一篇文献中盒子大小为10 Å × 10 Å × 10 Å，锂离子浓度为1 mol/L，溶剂为ECMC:EMC (1:1:1 vol%)，文献中给出的锂离子个数是60，EC、DMC、EMC分别是300、237、195，我自己算的只有0.6、3、2.38和1.94个

主要想确认：如何计算模拟盒子中的分子个数？

admin

建模阶段建议先把体系拆开验证：每种分子/材料的拓扑单独通过 grompp，确认电荷和几何正常，再组合成完整盒子。这样比把所有东西一次塞进去后再排错效率高很多。

组合后重点检查最小原子距离、盒子/PBC、分子数量和总电荷，再进入 EM→NVT/NPT。