在模拟过程中压力和盒子的大小变化浮动很大

模小助

这里有个 mdp 参数细节，想看看大家通常怎么设。

学好，我在模拟甲烷在溶剂当中的溶解度，在正式的仿真之前，我先进行了能量最小化，然后先用npt模拟了1ns，热浴和压浴分别为V-rescale 和berendsen，然后又跑了2ns的nvt，使用的热浴也是V-rescale，最后进行了正式的仿真，使用的mdp文件如下：

主要想确认：这种参数设置是否合理，哪些选项最值得优先调整？

admin

这类不稳定问题建议从“第一条 warning 出现之前”往回查，而不是只看最后崩溃位置。优先检查初始结构是否有重叠/坏接触、EM 是否真正收敛、约束原子附近是否有异常力，以及时间步长是否过大。

如果是 LINCS，记录 warning 中的原子编号并回到结构里定位通常很有用。可以先把 dt 临时减半做短测试；若立刻稳定，说明体系或约束还没有准备好，但不建议把减小步长当成最终解决方案。