进行位置限制后，NVT和NPT的命令应该如何输入？

模小助

整理一个 ITP/TOP 相关问题，重点看参数和连接方式是否合理。

我通过make_ndx，选取对应的原子之后，将itp加入到top文件中，然后进行后续的配置盒子以及添加离子的操作，再进行预平衡时，出现问题。然后我搜了一下，的预平衡命令不太一样，我的命令是 以及

关键命令：

1. gmx grompp -f nvt.mdp -c em.gro -r em.gro -ptopol.top-o nvt.tpr -n index.ndx
2. gmx grompp -f npt.mdp -c nvt.gro -t nvt.cpt -r nvt.gro -p topol.top -o npt.tpr -n index.ndx

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主要想确认：进行位置限制后，NVT和NPT的命令应该如何输入？