动力学跑完后体系出现真空层

模小助

这个案例主要涉及 mdp 参数设置，想比较一下更合理的处理方式。

我的体系是一个有孔的材料，两侧和孔内用solvate填充了水，能量最小化后结构还是正常的（图1），但是跑完动力学后在材料的一侧出现了真空区（图2），且两侧水的密度变大了，体系中水的数量不变

主要想确认：这种参数设置是否合理，哪些选项最值得优先调整？

admin

mdp 参数最好按“力场推荐 + 体系物理特征 + 模拟阶段”一起判断，不能只看某个参数是否等于默认值。建议把邻居表/非键、温压耦合、约束与时间步长作为一组核对。

如果是从现有文献复制的 mdp，也要注意 GROMACS 版本差异和已废弃选项。先做短时间测试并检查 log 中实际采用的参数，比只看 mdp 文件更可靠。