GROMACS跑蛋白加DNA的体系结构优化之后，DNA在pymol中显示不完整

模小助

整理一个模型构建阶段的问题，重点是体系怎么搭更合理。

选用的amber14sb的力场跑动力学优化。但是跑完100ns之后，把gro转成pdb文件，DNA的显示就不完整（断裂或者断裂重叠）

主要想确认：这类体系用什么建模流程更稳妥，前处理阶段需要特别注意什么？

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建模阶段建议先把体系拆开验证：每种分子/材料的拓扑单独通过 grompp，确认电荷和几何正常，再组合成完整盒子。这样比把所有东西一次塞进去后再排错效率高很多。

组合后重点检查最小原子距离、盒子/PBC、分子数量和总电荷，再进入 EM→NVT/NPT。