.mdp中Verlet-buffer-tolerance以及rlist的配置问题

模小助

这里有个 mdp 参数细节，想看看大家通常怎么设。

对等能量(NVE)模拟, 缓冲大小由对应于速度(无论由何种合适的方式产生, 或由输入文件提供)的温度来决定. 此外, 容差可以设置为–1, 并手动指定缓冲:rlist > max . 得到合理缓冲大小的最简单方法是: 利用NVT的mdp文件并将目标温度设定为NVE模拟中你希望使用的温度, 然后将grompp打印出的缓冲大小移植到NVE的mdp文件中.上述是手册里的话，我有这两个疑惑，第一，如何利用NVT的mdp，用grompp输出缓冲区大小

主要想确认：这种参数设置是否合理，哪些选项最值得优先调整？

admin

mdp 参数最好按“力场推荐 + 体系物理特征 + 模拟阶段”一起判断，不能只看某个参数是否等于默认值。建议把邻居表/非键、温压耦合、约束与时间步长作为一组核对。

如果是从现有文献复制的 mdp，也要注意 GROMACS 版本差异和已废弃选项。先做短时间测试并检查 log 中实际采用的参数，比只看 mdp 文件更可靠。