gmx跑蛋白-小分子的md时是否需要将小分子用量化计算后再跑？

模小助

整理一个模型构建阶段的问题，重点是体系怎么搭更合理。

准备跑蛋白-小分子化合物的md，从rcsb下载的复合物文件（其中包含蛋白-化合物小分子.PDB），不确定是否需要在ligand的准备阶段用量化的方式把化合物优化一下。之前看过一个nature chemical biology的文章，将ligand和蛋白质分别作了以下处理后再跑md：1. 蛋白：用在线工具建模，补全了蛋白的缺失的序列

主要想确认：gmx跑蛋白-小分子的md时是否需要将小分子用量化计算后再跑？

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先区分“参数化后的分子净电荷”和“整个模拟盒子的净电荷”。带电分子本身当然可以是整数正/负电荷；体系是否中性则通过加入抗衡离子来处理。

如果 grompp 提示总电荷不是接近整数，优先检查每个 moleculetype 的部分电荷和 [ molecules ] 数量是否正确；如果是明确的 ±1、±2 等整数净电荷，则再根据体系需要用 genion 或预先加入的离子中和。