如何根据蛋白的生物特性计算建模需要的参数？

模小助

这个案例还在前处理/建模阶段，想先把构建思路确认清楚。

在最近学的东西算在分子动力学范畴，但是没有学的那么难；我用matlab做，需求就是根据已有的实验数据拟合一些符合特定蛋白生物特性的动力学参数，比如：激活速率常数、失活速率常数、与其他蛋白的结合常数等等，然后预测新的行为

主要想确认：如何根据蛋白的生物特性计算建模需要的参数？

admin

这里建议先把“参数来源”和“拓扑能不能被 grompp 读过”分开验证。不同力场之间最怕混用 atomtypes、1-4 scaling、组合规则和水/离子参数，表面上能生成 tpr 也不代表物理上兼容。

如果是原子名称不匹配，优先按力场 residue template 的命名规范统一 PDB/GRO，而不是直接改 atomtype 去迎合坐标文件。最好贴出所用力场、对应 itp 的 [ atomtypes ]/[ atoms ] 以及具体 warning。