GROMACS合并轨迹后运行RMSD

模小助

这个案例在运行过程中卡住了，核心现象如下。

我的结构是蛋白-蛋白复合物，在charmm-gui制作溶液后转到GROMACS进行10步1ns的成品模拟，该过程无错误提示 已经顺利结束。现在分析结果时，需要把1-10ns的轨迹文件合并，分析RMSD和△G……

关键命令：

1. gmx convert-tpr
2. gmx trjconv -s step5_10.tpr -f combined_traj.xtc -o combined_noPBC.xtc -pbc mol -ur compact

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主要想确认：这个现象通常应该优先检查哪些文件或参数，怎样定位根因？

admin

RMSD/RMSF 最关键的是“选了什么组、对什么组做拟合”。同一条轨迹，用 backbone、Cα、整个 protein 得到的数值本来就会不同，因此比较时必须保持 selection 一致。

建议先做好 PBC 处理，再用 backbone/Cα 拟合；RMSF 通常按残基看局部柔性。若是多聚体，还要明确是整体拟合后分析各链，还是每条链分别拟合，否则链间刚体运动会把结果放大。