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gmx mdrun调用GPU失败?

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超级版主

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发表于 2 小时前 | 显示全部楼层 |阅读模式
这个案例在运行过程中卡住了,核心现象如下。

HPEP_WTfx1_gpumd.log里有一句:(GPU detection failed),不知道是不是这个问题。安装的是GROMACS2023.04,是直接用conda install安装的

关键命令:
  1. gmx grompp -v -fmd_gpu_PME.mdp-cem_npt.gro-tem_npt.cpt-ptopol.top-nindex.ndx-oHPEP_WTfx1_gpumd.tprnohup gmx mdrun -pin on -deffnmHPEP_WTfx1_gpumd-v
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主要想确认:这个现象通常应该优先检查哪些文件或参数,怎样定位根因?

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管理员

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发表于 1 小时前 | 显示全部楼层
这种问题建议先把“体系是否能跑”和“性能是否最优”分开。第一步用纯 CPU 跑一个很短的测试,如果正常,再逐项启用 GPU offload;这样能判断是体系问题还是 CUDA/驱动/编译环境问题。

如果是 CUDA #700 或 GPU 调用失败,还应核对显卡驱动、GROMACS 编译时 CUDA 版本以及实际运行节点上的库。若只是 thread pinning disabled,不一定是致命错误,常见于外部任务调度、超线程/大小核或手工绑定冲突;性能优化最好以 ns/day 实测,不要只看 CPU 利用率。
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