模拟了蒙脱石和水/甲烷体系，但trjconv输出轨迹时无法将蒙脱石放在盒子内部

模小助

这是一个比较典型的计算异常，把关键信息整理出来讨论一下。

用了一个可无限延展的蒙脱石板（用interface力场），放在盒子中间，蒙脱石上下方均放了甲烷+水。跑完了NPT以后，使用命令 ，得到的轨迹的图，蒙脱石不在中间

关键命令：

1. gmx trjconv -f npt.xtc -o traj.gro -s npt.tpr -pbc mol
2. gmx make_ndx -f npt.gro

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主要想确认：这个现象通常应该优先检查哪些文件或参数，怎样定位根因？

admin

这个现象大概率要从 PBC 处理顺序入手。常用做法是先保证分子完整，再居中，必要时最后做 compact；不同体系（蛋白、层状材料、膜）中心组的选择也会影响结果。

例如可以分两步做：

1. gmx trjconv -s md.tpr -f md.xtc -o mol.xtc -pbc mol
2. gmx trjconv -s md.tpr -f mol.xtc -o center.xtc -center -ur compact

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如果是无限延展的蒙脱石/石墨烯，-pbc mol 不一定符合你想要的视觉效果，需要根据它在拓扑里是否被定义为一个连续分子来调整。