经典分子动力学模拟力场发展

模小助

整理一个值得讨论的技术点，核心内容如下。

没做计算有四五年了，这会有课题又需要用到模拟，然后下载最新版本的GROMACS 2024，感觉这些力场这么长时间没有什么新变化还是之前那些 amber charmm27 （charmm36还需要自己手动引用一下）. 看近几年的一些文章用的也是还是十年前的那些方法力场，所以说经典分子动力学是没怎么发展了嘛？

大家如果做过类似体系，也可以补充自己的处理方式或注意事项。

admin

这里建议先把“参数来源”和“拓扑能不能被 grompp 读过”分开验证。不同力场之间最怕混用 atomtypes、1-4 scaling、组合规则和水/离子参数，表面上能生成 tpr 也不代表物理上兼容。

如果是原子名称不匹配，优先按力场 residue template 的命名规范统一 PDB/GRO，而不是直接改 atomtype 去迎合坐标文件。最好贴出所用力场、对应 itp 的 [ atomtypes ]/[ atoms ] 以及具体 warning。