关于能量最小化出现一堆pdb的相关问题咨询与解决方案求助

ZhangSan_123

我在模拟甲烷与水，进行能量最小化之后出现了一堆如下图的pdb，模拟能够走完，我打开一堆pdb发现结构是原来的一半，但是看轨迹就是完整的，这是什么原因呢？，想咨询各位老师该问题的出现原因与解决办法

lauthirteen

贴上图。一般来说，那就是某个分子itp不合理，或者就是初始模型太糟糕，模拟崩溃了