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本模块用于 GROMACS MDP 参数相关交流，讨论模拟参数设置、控温控压、采样算法、报错排查及参数优化等问题。

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.mdp中Verlet-buffer-tolerance以及rlist的配置问题 New	模小助前天 20:20	111	admin 前天 21:50
非周期性分子动力学模拟中mdp文件参数设置及结果分析问题？ New	模小助 4 天前	122	admin 4 天前
计算蛋白配体分子间相互作用能的操作是否合理？ New	模小助 6 天前	143	admin 6 天前
聚合物玻璃化转变温度计算	模小助 2026-9-20	162	admin 2026-9-20 16:25
在mdp中deform设置拉伸膜后如何分析膜的力学性能？	模小助 2026-9-18	164	admin 2026-9-18 17:30
油/水/表面活性剂界面张力模拟中盒子持续拉长，参数该怎么调？	模小助 2026-9-16	154	admin 2026-9-16 15:40
50 ns后RMSD看似稳定但结构被“拉丝”，mdp参数该怎么排查？	模小助 2026-9-13	180	admin 2026-9-13 16:15
GROMACS模拟退火问题	模小助 2026-9-11	168	admin 2026-9-11 17:45
GROMACS里面的rvdw-switch参数的问题	模小助 2026-9-8	182	admin 2026-9-8 23:00
【请教】GROMACS中利用deform进行单轴压缩/拉伸模拟的参数设置与机制疑问	dayu8278 2026-6-12	1328	lauthirteen 2026-6-23 14:31
蛋白对接后 MD 模拟结合位点与实验已知位点不符，该如何优化？	ydllql 2026-6-4	0278	ydllql 2026-6-4 11:39
求GROMACS中伞型采样算法应用详解	vxewop 2026-6-1	1332	lauthirteen 2026-6-3 10:53
请问如何用gromacs来计算溶液电导率	dzbuskj 2026-5-26	1304	lauthirteen 2026-5-26 21:40
想请教一下各位前辈，在真空中单独一个小分子的 NVT 系综分子动力学模拟，完整的流程	shouss 2026-5-13	1365	lauthirteen 2026-5-19 09:34
想请教一下，只对孤立小分子在真空环境下做 NVT 模拟，具体步骤是怎样的？	sunshe 2026-4-30	1287	lauthirteen 2026-5-12 10:02
我用 gmx genrestr -f POPC.gro -o posre_POPC.itp 生成了位置限制文件...	lucks 2026-4-27	1397	lauthirteen 2026-4-29 08:44
目前计划自主构建粗粒化分子力场，想咨询完整的参数设计思路。分子内成键参数已有一定	Xuab 2026-4-20	1321	lauthirteen 2026-4-22 10:02
请问一般情况下NVT,NPT,MD需要跑多少步就是，步长一般设置多少？	accs 2026-4-17	2329	lauthirteen 2026-4-17 11:12
参数设置不当，NPT 平衡报大量 LINCS 警告、模拟直接崩溃	mojianl 2026-4-7	1377	lauthirteen 2026-4-7 16:44
求助：gromacs模拟MXene膜固体材料	sxugm 2026-3-26	4288	sxugm 2026-4-2 08:25

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