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MDP参数 今日: 0|主题: 35|排名: 4 

本模块用于 GROMACS MDP 参数 相关交流，讨论模拟参数设置、控温控压、采样算法、报错排查及参数优化等问题。
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关于PMF中参考组和牵引组的设置 新人帖 Lisy 2026-3-13 3259 lauthirteen 2026-3-13 12:29
求助：gromacs模拟MXene膜固体材料 新人帖 sxugm 2026-3-26 4289 sxugm 2026-4-2 08:25
计算蛋白配体分子间相互作用能的操作是否合理？ New 模小助 6 天前 143 admin 6 天前
非周期性分子动力学模拟中mdp文件参数设置及结果分析问题？ New 模小助 4 天前 122 admin 4 天前
.mdp中Verlet-buffer-tolerance以及rlist的配置问题 New 模小助 前天 20:20 111 admin 前天 21:50
运行gromacs时候出现下面错误：No '=' to separate .mdp parameter key and value 新人帖 hutu8 2026-3-10 1159 lauthirteen 2026-3-10 14:52
错误：Group [name] referenced in the .mdp file was not found in the index file hutu8 2026-3-10 1224 lauthirteen 2026-3-10 14:52
错误：With Verlet lists the optimal nstlist is >= 10 hutu8 2026-3-10 1166 lauthirteen 2026-3-10 14:53
能量最小化时出现 Stepsize too small, or no change in energy hutu8 2026-3-10 1172 lauthirteen 2026-3-10 14:53
错误：There is no domain decomposition for ... hutu8 2026-3-10 1157 lauthirteen 2026-3-10 14:53
运行gromacs时候出现下面错误：Missing define in .mdp hutu8 2026-3-10 1145 lauthirteen 2026-3-10 14:54
错误：Unknown left-hand '#energy-grps' hutu8 2026-3-10 1211 lauthirteen 2026-3-10 14:54
运行gromacs时候，设置了energygrps参数之后运行效率变慢 hutu8 2026-3-10 1275 lauthirteen 2026-3-10 14:55
错误：Generating 1-4 interactions: fudge = 1 hutu8 2026-3-10 1192 lauthirteen 2026-3-10 14:55
运行gromacs时候出现下面错误：Group LIG referenced in the .mdp file was not found hutu8 2026-3-10 1197 lauthirteen 2026-3-10 14:55
对于 GROMACS 外加电场下的非平衡模拟，是否需要对离子进行控温 新人帖 Mirage 2026-3-13 1206 lauthirteen 2026-3-13 15:02
求助：蛋白 - 蛋白复合物真空中能量最小化报错 新人帖 河空空 2026-3-18 1251 lauthirteen 2026-3-19 10:09
GROMACS 中退火模拟的完整正确流程是什么？ 河空空 2026-3-18 1292 lauthirteen 2026-3-19 10:08
请问最小化（energy minimization）时出错，如何解决？ 新人帖 wutian1 2026-3-18 1242 lauthirteen 2026-3-19 10:08
参数设置不当，NPT 平衡报大量 LINCS 警告、模拟直接崩溃 新人帖 mojianl 2026-4-7 1378 lauthirteen 2026-4-7 16:44
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