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本模块用于 GROMACS MDP 参数相关交流，讨论模拟参数设置、控温控压、采样算法、报错排查及参数优化等问题。

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【请教】GROMACS中利用deform进行单轴压缩/拉伸模拟的参数设置与机制疑问	dayu8278 2026-6-12	1168	lauthirteen 2026-6-23 14:31
蛋白对接后 MD 模拟结合位点与实验已知位点不符，该如何优化？	ydllql 2026-6-4	0138	ydllql 2026-6-4 11:39
求GROMACS中伞型采样算法应用详解	vxewop 2026-6-1	1181	lauthirteen 2026-6-3 10:53
请问如何用gromacs来计算溶液电导率	dzbuskj 2026-5-26	1145	lauthirteen 2026-5-26 21:40
想请教一下各位前辈，在真空中单独一个小分子的 NVT 系综分子动力学模拟，完整的流程	shouss 2026-5-13	1216	lauthirteen 2026-5-19 09:34
想请教一下，只对孤立小分子在真空环境下做 NVT 模拟，具体步骤是怎样的？	sunshe 2026-4-30	1175	lauthirteen 2026-5-12 10:02
我用 gmx genrestr -f POPC.gro -o posre_POPC.itp 生成了位置限制文件...	lucks 2026-4-27	1213	lauthirteen 2026-4-29 08:44
目前计划自主构建粗粒化分子力场，想咨询完整的参数设计思路。分子内成键参数已有一定	Xuab 2026-4-20	1200	lauthirteen 2026-4-22 10:02
请问一般情况下NVT,NPT,MD需要跑多少步就是，步长一般设置多少？	accs 2026-4-17	2177	lauthirteen 2026-4-17 11:12
参数设置不当，NPT 平衡报大量 LINCS 警告、模拟直接崩溃	mojianl 2026-4-7	1241	lauthirteen 2026-4-7 16:44
求助：gromacs模拟MXene膜固体材料	sxugm 2026-3-26	4180	sxugm 2026-4-2 08:25
求助：蛋白 - 蛋白复合物真空中能量最小化报错	河空空 2026-3-18	1124	lauthirteen 2026-3-19 10:09
GROMACS 中退火模拟的完整正确流程是什么？	河空空 2026-3-18	1203	lauthirteen 2026-3-19 10:08
请问最小化（energy minimization）时出错，如何解决？	wutian1 2026-3-18	1146	lauthirteen 2026-3-19 10:08
对于 GROMACS 外加电场下的非平衡模拟，是否需要对离子进行控温	Mirage 2026-3-13	1120	lauthirteen 2026-3-13 15:02
关于PMF中参考组和牵引组的设置	Lisy 2026-3-13	3174	lauthirteen 2026-3-13 12:29
运行gromacs时候出现下面错误：Group LIG referenced in the .mdp file was not found	hutu8 2026-3-10	1140	lauthirteen 2026-3-10 14:55
错误：Generating 1-4 interactions: fudge = 1	hutu8 2026-3-10	1125	lauthirteen 2026-3-10 14:55
运行gromacs时候，设置了energygrps参数之后运行效率变慢	hutu8 2026-3-10	1186	lauthirteen 2026-3-10 14:55
错误：Unknown left-hand '#energy-grps'	hutu8 2026-3-10	1152	lauthirteen 2026-3-10 14:54

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