请教 Gromacs 如何计算通道 / 活性位点的水分子流量（进出数量）

gmzcfmd

我研究的是蛋白通道残基突变对进入活性位点水分子数量的影响，核心需求是：对 MD 模拟轨迹，统计穿过通道 / 进入活性口袋的水分子净流量、总进出次数。我自己翻了很多教程和手册，没找到 Gromacs 自带的直接统计工具，所以想请教大家：Gromacs 有没有原生工具 / 命令可以直接统计指定区域内水分子的进出数目、流量？如果有，具体命令和索引组该怎么设置？

lauthirteen

这种gromacs没有自带的工具，可以基于MDanalysis包，写代码分析