模拟一个小分子在PMMA聚合物中的环境,如何确定初始结构以及初始的参数?

fens

模拟一个小分子在PMMA聚合物中的环境，目前有小分子的结构和pmma的线性结构，有聚合物和小分子的top文件，目前我不知道应该如何确定初始结构以及初始的参数，使得pmma分子在分子动力学模拟的过程中发生卷曲并把小分子包裹住？请大佬赐教

lauthirteen

直接建立一个大模拟盒子混合它们就可以，mdp参数就用常规的即可