参数设置不当，NPT 平衡报大量 LINCS 警告、模拟直接崩溃

mojianl

各位老师、同学好，我的体系完成能量最小化后，NVT 平衡可以正常跑完，但切换到 NPT 平衡模拟时，控制台疯狂弹出 LINCS 约束警告，跑不了几百步就直接终止模拟。怀疑是 mdp 参数设置有问题，自己调整多次仍未解决，特来求助。



Step 120: Warning: Constrained atom movement larger than 0.1 nm
Step 125: LINCS warning: resetting constraints in molecule ...
Step 130: Too many LINCS warnings, simulation terminatedFatal error: Too many LINCS warnings (120) in step 130

lauthirteen

mdp看着没问题，估计 是你的体系没搭建好，或者是某个分子的itp不合理