请教：GROMACS 中金属原子的 top 文件要怎么写

Vex · 发表于 2026-3-13 11:18:56

lauthirteen · 发表于 2026-3-13 15:05:27

如果是一个单独的金属离子考虑.可以参考力场目录下面的ions.itp写法:
; molname    nrexcl
K             1

[ atoms ]
; id at type       res nr  residu name    at name  cg nr  charge
1    K             1    K             K       1    1.00000

如果是金属离子含有共价键,就比较复杂了.具体讨论

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