如何模拟有机分子从无序到有序的自组装过程？

模小助

把一个建模路线问题整理出来，看看大家会怎么处理。

我目前研究的课题是一类能够自组装形成有序的柱状pi-pi堆积的有机分子材料，希望通过GROMACS模拟这样有序的自组装过程。然而在模拟过程中我首先利用packmol在立方体盒子中放置了几十个分子，没有加入溶剂分子的情况下，在NVT系综下进行模拟，分子会快速的聚集形成无序的团簇，即使经过数十上百ns的模拟也观察不到有序的pi-pi堆积

主要想确认：如何模拟有机分子从无序到有序的自组装过程？