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AMBER99SB-ILDN 力场的ions.mdp文件怎么写?

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发表于 1 小时前 | 显示全部楼层 |阅读模式
这个案例主要卡在拓扑和力场设置,关键信息如下。

想将设计的蛋白质疫苗序列与TLR受体做分子动力学模拟,由于都是蛋白质,就都放到一个PDB文件里做的,采用的AMBER99SB-ILDN 力场,TIP3P水模型,没有找到这个力场的ions.mdp文件,现在用的这个输入后不能用。下有没有AMBER99SB-ILDN 力场的ions.mdp文件;

主要想确认:AMBER99SB-ILDN 力场的ions.mdp文件怎么写?
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