分子模拟中缺失的力场参数的获取与处理方案咨询

LiHua_888

各位老师好，我想用Sobtop生成碳酸钙的itp文件，但是当我将文献中提供的参数（参数见图）都添加到Sobtop力场库并按照二氧化硅例子的itp文件处理方式生成后，还缺少Ca-O的bond项、O-Ca-O的angle项、O-Ca-Ca-O的dihedral项等等。这些力场参数也没有呀，是可以直接忽略在gmx中跑MD吗？还是要通过Sobtop自己猜一个呢？或者仍需要google找齐这些参数补到itp中才可以跑MD呢？，想咨询各位老师该问题的出现原因与解决办法

lauthirteen

sobtop生成的肯定有这些参数的，检查一下你的mol2文件里面是不是这些原子都是链接上的。