石墨烯和Ti3C2的ITP参数

sxugm

求大佬指教：我做的模型大致如下（海水淡化）：石墨烯| 海水区 | MXene | 纯水区 | 石墨烯，海水区模拟的是0.5M的海水（2770H2O+23Na+和23Cl-），纯水区添加了717个H2O，MXene材料用的是Ti3C2，在写ITP文件的时候，石墨烯和Ti3C2需要写入成键参数吗？对于Na+和Cl-的itp文件里需要有成键参数吗？

lauthirteen

Na Cl是常见的离子，直接力场文件里面有的，而且不用成键参数，就是一个孤立的离子。如果Ti3C2是想直接固定住，那不用成键参数。

sxugm

lauthirteen 发表于 2026-4-7 16:40
Na Cl是常见的离子，直接力场文件里面有的，而且不用成键参数，就是一个孤立的离子。如果Ti3C2是想直接固定 ...

那像我的这个结构模型大致如下：石墨烯| 海水区 | MXene | 纯水区 | 石墨烯，因为“石墨烯|  | MXene |  | 石墨烯”部分我是利用python脚本控制的距离组装的，随后在输出的pdb文件里用packmol加入了水和离子，最后得到的整体的结构文件mxene.gro内容是这样的：GRA-Ti3C2-GRA-SOL-NA-CL-SOL,是这样的一个顺序，后面的石墨烯和Ti3C2拓扑文件mxene.itp和graphene.itp都是单独分开写的，可是itp文件里的原子序号都是从1开始的，这样的话会不会和整体的结构文件mxene.gro不一致出问题，还有就是这个整体的结构文件mxene.gro里面原子的顺序是不是需要调整一下，应该和结构模型：石墨烯| 海水区 | MXene | 纯水区 | 石墨烯 的顺序保持一致