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    <title>模拟之家-SimuHome - 数据分析/作图</title>
    <link>https://www.simuhome.cn/forum-7-1.html</link>
    <description>Latest 20 threads of 数据分析/作图</description>
    <copyright>Copyright(C) 模拟之家-SimuHome</copyright>
    <generator>Discuz! Board by Comsenz Inc.</generator>
    <lastBuildDate>Tue, 29 Sep 2026 22:19:41 +0000</lastBuildDate>
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      <title>模拟之家-SimuHome</title>
      <link>https://www.simuhome.cn/</link>
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    <item>
      <title>用GROMACS进行分子动力学模拟后的吸附能计算问题</title>
      <link>https://www.simuhome.cn/thread-275-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[这个案例已经进入后处理阶段，主要卡在数据解释和分析方法。

A吸附B的吸附能公式为Eads=EA+B-EA-EB，其中EA+B为吸附后的总能量，1.EA和EB分别是吸附前A和B各自的能量还是吸附完成后A和B各自的能量呢？

主要想确认：这个结果应该怎样理解，当前分析流程有没有需要调整 ...]]></description>
      <category>数据分析/作图</category>
      <author>模小助</author>
      <pubDate>Tue, 29 Sep 2026 12:30:02 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>gmx density命令统计离子的数密度的问题</title>
      <link>https://www.simuhome.cn/thread-268-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[整理一个轨迹分析/作图问题，重点是结果该怎么判断。

最近使用GROMACS中的 命令统计体系中的离子的数密度，产生了一些疑惑如果输入 *.gro -s *.tpr -n *.ndx -dens num -d z -sl * 统计的是某一帧的选定的某离子的数密度的话，输入 *.xtc -s *.tpr -n *.ndx -dens num  ...]]></description>
      <category>数据分析/作图</category>
      <author>模小助</author>
      <pubDate>Sun, 27 Sep 2026 06:30:02 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>gmx统计RDF未收敛至1，且形状奇怪</title>
      <link>https://www.simuhome.cn/thread-265-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[把一个分析方法上的问题整理出来，看看当前流程是否合适。

我最近用gmx计算电解液中CF₃SO₃⁻离子对水的rdf，但是用gmx统计发现rdf未能收敛至1。命令： \'resname WAT\' -sel \'resname CF3\' -seltype mol_com -o 2-rdf-WAT-CF3.xvg结果如图：gmx 如果统计水中O原子与CF ...]]></description>
      <category>数据分析/作图</category>
      <author>模小助</author>
      <pubDate>Sat, 26 Sep 2026 07:10:02 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>gmx hbond工具进行氢键分析数据解读和作图</title>
      <link>https://www.simuhome.cn/thread-253-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[把一个分析方法上的问题整理出来，看看当前流程是否合适。

1、 工具进行氢键分析分析时，得到两列数据：@ title \&quot;Hydrogen Bond Distribution\&quot;@ xaxis label \&quot;Donor - Acceptor Distance (nm)\&quot;@ yaxis label \&quot;\&quot;@TYPE xy0.0025 00.0075 00.0125 00.0175 00.0225 00.0275 ...]]></description>
      <category>数据分析/作图</category>
      <author>模小助</author>
      <pubDate>Tue, 22 Sep 2026 08:05:02 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>求问在GROMACS中如何基于密度分布算液滴在固体表面的接触角？</title>
      <link>https://www.simuhome.cn/thread-249-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[把一个分析方法上的问题整理出来，看看当前流程是否合适。

好，我想算一个三维的液滴在固体表面的接触角，需要界定液滴的表面在哪里，也即气相/液相的分界线在哪里。我看文献上说可以把密度达到体相液体密度50%的点作为气相/液相的分界点，这样就能基于密度统计来确定 ...]]></description>
      <category>数据分析/作图</category>
      <author>模小助</author>
      <pubDate>Mon, 21 Sep 2026 07:00:02 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>GROMACS中RMSD怎么排查和意义的个人理解，若有不对请批评指正？</title>
      <link>https://www.simuhome.cn/thread-243-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[这个话题在实际模拟里经常会碰到，简单整理几个关键点。

我最近常跑复合物的GROMACS，结合们的帖子和看的文献，对RMSD有一些自己个人不成熟的理解，不知道对不对，希望可以批评指教！1、复合物中RMSD的运算：可对复合物整体、蛋白质、配体计算RMSD波动，复合物整体叠合 ...]]></description>
      <category>数据分析/作图</category>
      <author>模小助</author>
      <pubDate>Sat, 19 Sep 2026 06:25:02 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>能量的具体含义: 伞形采样/MetaD计算的自由能 和 gmx energy计算的相互作用能</title>
      <link>https://www.simuhome.cn/thread-237-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[把一个分析方法上的问题整理出来，看看当前流程是否合适。

我的仿真体系是团簇A+团簇B+水+离子[1]使用伞型采样法计算自由能，定义的两个拉伸组分别是团簇A和团簇B，反应坐标是distance，首先进行牵引模拟得到牵引构象，然后将构象按距离分成若干个窗口，对每个区间进行 ...]]></description>
      <category>数据分析/作图</category>
      <author>模小助</author>
      <pubDate>Thu, 17 Sep 2026 07:40:02 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>g_covar得到的eigenvalues中全是0</title>
      <link>https://www.simuhome.cn/thread-228-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[这个案例已经进入后处理阶段，主要卡在数据解释和分析方法。

上次有个问题没有解决，这次有时间试了一下一个纯蛋白的md，然后想试试PCA分析，参考了网上一些资料与浅谈PCA与g_covar+g_anaeig+ddtdp+sigmaplot做自由能面图的方法，但是此次结果还是0.求分析一下

关键命 ...]]></description>
      <category>数据分析/作图</category>
      <author>模小助</author>
      <pubDate>Mon, 14 Sep 2026 06:15:02 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>计算多条相同链的温敏特性，周期性边界问题处理</title>
      <link>https://www.simuhome.cn/thread-222-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[这个案例已经进入后处理阶段，主要卡在数据解释和分析方法。

我计算的体系是多条相同链的温敏特性，我使用 对轨迹进行处理代码如下 输出选择0系统观察轨迹出现分子跳边界问题 选择non-Water 输出选择0 系统观察发现溶质一部分跑出盒子外了居中处理 选择non-water 输出 ...]]></description>
      <category>数据分析/作图</category>
      <author>模小助</author>
      <pubDate>Sat, 12 Sep 2026 07:15:03 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>gmx计算空间分布函数和vmd作图遇到</title>
      <link>https://www.simuhome.cn/thread-214-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[这个案例已经进入后处理阶段，主要卡在数据解释和分析方法。

我最近使用GROMACS spatial 计算空间分布函数，统计1个间甲酚周围氯化胆碱、丙二酸的分布情况，体系中间甲酚放在盒子中间冻住，氯化胆碱50个丙二酸100个，模拟5ns。之后按中心分子对轨迹进行叠合, 移除中心 ...]]></description>
      <category>数据分析/作图</category>
      <author>模小助</author>
      <pubDate>Wed, 09 Sep 2026 12:30:02 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>求助：GROMACS 如何计算分子沿 Z 轴方向的自扩散系数？</title>
      <link>https://www.simuhome.cn/thread-203-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[我想请教一个轨迹分析的问题：我平时用 GROMACS 计算的都是整个体系的平均自扩散系数，但现在需要单独统计分子沿 Z 轴方向的分向自扩散系数，找了很久命令和教程都没弄明白。计算 Z 轴方向自扩散系数，具体用gmx msd的哪个参数？索引组、mdp 或者命令行该怎么设置才能限 ...]]></description>
      <category>数据分析/作图</category>
      <author>ndgzjsoj</author>
      <pubDate>Fri, 05 Jun 2026 06:36:39 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>请教 Gromacs 如何计算通道 / 活性位点的水分子流量（进出数量）</title>
      <link>https://www.simuhome.cn/thread-193-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[我研究的是蛋白通道残基突变对进入活性位点水分子数量的影响，核心需求是：对 MD 模拟轨迹，统计穿过通道 / 进入活性口袋的水分子净流量、总进出次数。我自己翻了很多教程和手册，没找到 Gromacs 自带的直接统计工具，所以想请教大家：Gromacs 有没有原生工具 / 命令可 ...]]></description>
      <category>数据分析/作图</category>
      <author>gmzcfmd</author>
      <pubDate>Mon, 01 Jun 2026 03:12:00 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>多体系分子动力学轨迹PCA分析的参考结构选择方法</title>
      <link>https://www.simuhome.cn/thread-170-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[大家好，我现在有四个蛋白-核酸-蛋白复合体系，分别命名为A、B、C、D，其中A体系是空白对照组，四个体系的蛋白-核酸核心结构都是完全一致的，模拟的研究目的是探究不同的小蛋白结合到大蛋白上时，大蛋白的结构变化情况。基于这个研究目的，我使用Amber软件的cpptraj模块 ...]]></description>
      <category>数据分析/作图</category>
      <author>yuntian</author>
      <pubDate>Thu, 21 May 2026 13:51:00 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>请问xvg格式的文件用什么软件打开好看些呢？</title>
      <link>https://www.simuhome.cn/thread-153-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[请问xvg格式的文件用什么软件打开好看些呢？]]></description>
      <category>数据分析/作图</category>
      <author>zhidun3</author>
      <pubDate>Mon, 11 May 2026 02:24:04 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>关于二面角的疑问</title>
      <link>https://www.simuhome.cn/thread-152-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[请问gromacs能探究不同压力条件下小分子的二面角变化情况吗？还是说力场参数就已经确定了二面角的分布，模拟过程中不会再发生变化了？]]></description>
      <category>数据分析/作图</category>
      <author>Lisy</author>
      <pubDate>Thu, 07 May 2026 10:27:39 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>想问下如何分析电解液中 SSIP、CIP、AGG 这类溶剂化结构的占比？需要自己写脚本吗？有</title>
      <link>https://www.simuhome.cn/thread-151-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[想问下如何分析电解液中 SSIP、CIP、AGG 这类溶剂化结构的占比？需要自己写脚本吗？有没有推荐的教程或工具？]]></description>
      <category>数据分析/作图</category>
      <author>sunshe</author>
      <pubDate>Thu, 30 Apr 2026 02:17:07 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>在分子模拟过程中，配体 A 较配体 B 可形成更多氢键，这一特征是否也能佐证配......</title>
      <link>https://www.simuhome.cn/thread-141-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[请问哈老师在分子模拟过程中，配体 A 较配体 B 可形成更多氢键，这一特征是否也能佐证配体 A 的稳定性优于配体 B？]]></description>
      <category>数据分析/作图</category>
      <author>lilis</author>
      <pubDate>Mon, 27 Apr 2026 02:14:53 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>我试过网上现成的 Martini 可视化脚本，运行一直报错。导入拓扑文件提示缺少键参数目?</title>
      <link>https://www.simuhome.cn/thread-136-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[我试过网上现成的 Martini 可视化脚本，运行一直报错。导入拓扑文件提示缺少键参数目录，直接导入 tpr 文件又提示路径目录错误，实在搞不懂了，还有其他可视化方法吗？]]></description>
      <category>数据分析/作图</category>
      <author>Xuab</author>
      <pubDate>Mon, 20 Apr 2026 02:59:17 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>求助：我构建了一套粗粒化模型，在 VMD 里切换成 VDW 显示模式后，只显示粗粒化珠...</title>
      <link>https://www.simuhome.cn/thread-135-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[我构建了一套粗粒化模型，在 VMD 里切换成 VDW 显示模式后，只显示粗粒化珠子球体，化学键完全不显示，请问该怎么解决？]]></description>
      <category>数据分析/作图</category>
      <author>Xuab</author>
      <pubDate>Mon, 20 Apr 2026 02:57:29 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>请问模拟过程的熵变如何计算</title>
      <link>https://www.simuhome.cn/thread-126-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[请问文献上这种模拟过程中的熵变应该怎么计算得到呢]]></description>
      <category>数据分析/作图</category>
      <author>Lisy</author>
      <pubDate>Tue, 07 Apr 2026 02:47:23 +0000</pubDate>
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