<?xml version="1.0" encoding="utf-8"?>
<rss version="2.0">
  <channel>
    <title>模拟之家-SimuHome - 模型构建</title>
    <link>https://www.simuhome.cn/forum-4-1.html</link>
    <description>Latest 20 threads of 模型构建</description>
    <copyright>Copyright(C) 模拟之家-SimuHome</copyright>
    <generator>Discuz! Board by Comsenz Inc.</generator>
    <lastBuildDate>Wed, 03 Jun 2026 05:20:55 +0000</lastBuildDate>
    <ttl>60</ttl>
    <image>
      <url>https://www.simuhome.cn/static/image/common/logo_88_31.gif</url>
      <title>模拟之家-SimuHome</title>
      <link>https://www.simuhome.cn/</link>
    </image>
    <item>
      <title>请问怎么判断分子间距在合理范围</title>
      <link>https://www.simuhome.cn/thread-196-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[我在构建分子仿真体系时，看到有建议说可以把仿真密度设得稍低于实际材料密度，以此保证分子间距在合理范围。有哪些方法可以直观 / 定量判断体系中分子间距是否合理？希望各位大佬能给点经验和判断标准，非常感谢！





































 ...]]></description>
      <category>模型构建</category>
      <author>iqehkztd</author>
      <pubDate>Tue, 02 Jun 2026 05:45:10 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>求助：CCDC 1495519 有机晶体 CIF 导入 MS 异常（硝基键级错 / 原子重叠），如何正确</title>
      <link>https://www.simuhome.cn/thread-191-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[我在CCDC 数据库下载了编号1495519的有机晶体 CIF 文件，导入 Materials Studio（MS）后出现两个关键问题，怀疑文件或导入方式有问题，同时不清楚如何从零搭建标准有机晶体模型，特此求助：

当前问题（CIF 导入 MS 后异常）

[*]硝基键级显示错误：硝基（-NO₂）本应是 ...]]></description>
      <category>模型构建</category>
      <author>lswdteu</author>
      <pubDate>Fri, 29 May 2026 01:49:02 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>反式 β 折叠短肽自组装纳米管该如何建模？</title>
      <link>https://www.simuhome.cn/thread-190-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[各位做多肽自组装、分子模拟建模的大佬好！我研究的是反式 β 折叠短肽堆叠形成的纳米管状结构，目前已经成功构建出单个短肽的结构，现在卡在后续组装建模的步骤，实在搞不定，特来求助大家：我需要把单个短肽分子，按照参考图的结构先构建成环形矩阵，再纵向堆叠成完 ...]]></description>
      <category>模型构建</category>
      <author>atfvtxd</author>
      <pubDate>Thu, 28 May 2026 06:32:42 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>分子模拟与计算化学相关的粗粒化组装成球的细节问题问题咨询</title>
      <link>https://www.simuhome.cn/thread-180-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[求助，粗粒化怎么区分囊泡（空心）和胶束（实心）？，想咨询各位老师该问题的出现原因与解决办法]]></description>
      <category>模型构建</category>
      <author>YangJiu_666</author>
      <pubDate>Fri, 22 May 2026 03:47:00 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>分子模拟与计算化学相关的forcite模块，小分子不与磷脂膜作用问题咨询</title>
      <link>https://www.simuhome.cn/thread-179-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[我是想看有机小分子在膜法向上的分布，判断它和膜的亲和力。建的一个长方体盒子，单层磷脂层放在底部，头部朝z轴尾部加限制，forcite跑动力学发现部分水分子结合在磷脂头部，而有机小分子形成水化层不与膜结合，希望能得到解答。初次发帖，初次计算，请多包涵。，想咨询 ...]]></description>
      <category>模型构建</category>
      <author>LiuBa_999</author>
      <pubDate>Fri, 22 May 2026 03:17:00 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>双层PTFE聚合物摩擦模拟的载荷换算与摩擦力计算方法</title>
      <link>https://www.simuhome.cn/thread-172-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[想请教一下有相关经验的前辈，在做双层聚合物的摩擦模拟时，宏观上给出的载荷参数要怎么换算成可以施加给原子或者原子组的力？比如有文献里给包含620个原子的上层滑块模型施加了1.78MPa的载荷，文中给出的13.993e-4 kcal/(mol·angstrom)这个力的数值是怎么计算出来的？ ...]]></description>
      <category>模型构建</category>
      <author>hansu</author>
      <pubDate>Thu, 21 May 2026 14:40:00 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>含离子的水溶液体系中水的蒸发焓计算方法</title>
      <link>https://www.simuhome.cn/thread-171-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[想请问一下，如果我模拟的是含有离子的水溶液体系，想要用gromacs软件单独计算出体系中水的蒸发焓，应该怎么进行操作和处理？]]></description>
      <category>模型构建</category>
      <author>xiaoqiu</author>
      <pubDate>Thu, 21 May 2026 14:23:00 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>请问高斯 / ORCA 优化后为啥要算 RESP 电荷？对 MD 有啥用？</title>
      <link>https://www.simuhome.cn/thread-156-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[请问高斯 / ORCA 优化后为啥要算 RESP 电荷？对 MD 有啥用？]]></description>
      <category>模型构建</category>
      <author>shouss</author>
      <pubDate>Wed, 13 May 2026 06:12:03 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>各位老师好，我目前想做二氧化硅相关模拟,请问有没有相关资料？谢谢</title>
      <link>https://www.simuhome.cn/thread-154-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[各位老师好，我目前想做二氧化硅相关模拟,请问有没有相关资料？谢谢]]></description>
      <category>模型构建</category>
      <author>zhidun3</author>
      <pubDate>Mon, 11 May 2026 02:27:07 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>目前我使用的是 RTX 3080 Ti 显卡，主要用于运行 GROMACS 进行蛋白质对接计算........</title>
      <link>https://www.simuhome.cn/thread-142-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[目前我使用的是 RTX 3080 Ti 显卡，主要用于运行 GROMACS 进行蛋白质对接计算。从专业计算需求角度出发，是否有必要将其升级至 RTX 4080 Super 或 RTX 4090 D？若仅对比 RTX 4080 Super 与 RTX 3080 Ti，前者在 GROMACS 模拟效率、显存容量及能效比等方面是否具备显著优 ...]]></description>
      <category>模型构建</category>
      <author>lilis</author>
      <pubDate>Mon, 27 Apr 2026 02:16:30 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>我用 Packmol 构建了一个模拟盒：盒子中心是硫酸铵团簇，水分子分......</title>
      <link>https://www.simuhome.cn/thread-139-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[我用 Packmol 构建了一个模拟盒：盒子中心是硫酸铵团簇，水分子分布在团簇外侧、模拟盒内部。用 VMD 打开结构后，输入pbc box命令，却提示盒子参数设置错误，但我检查了.inp文件，没发现问题。


 ...]]></description>
      <category>模型构建</category>
      <author>xuanwu2</author>
      <pubDate>Tue, 21 Apr 2026 06:47:46 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>Gromacs可以模拟双配体的动力学模拟吗，有操作教程吗</title>
      <link>https://www.simuhome.cn/thread-138-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[Gromacs可以模拟双配体的动力学模拟吗，有操作教程吗?]]></description>
      <category>模型构建</category>
      <author>xuanwu2</author>
      <pubDate>Tue, 21 Apr 2026 06:41:46 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>gmx solvate 溶剂化报错，分子超出盒子，无法加水</title>
      <link>https://www.simuhome.cn/thread-124-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[我是小白，请问各位大佬用gmx editconf搭建盒子后，执行gmx solvate溶剂化，提示原子超出盒子，溶剂化失败，如何解决


gmx editconf -f complex.gro -o box.gro -c -d 1.0 -bt cubic 
gmx solvate -cp box.gro -cs spc216.gro -o solv.gro -p topol.top
 ...]]></description>
      <category>模型构建</category>
      <author>lingc</author>
      <pubDate>Tue, 07 Apr 2026 02:30:34 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>小分子复合物建模，合并 ITP 拓扑后 grompp 直接报错</title>
      <link>https://www.simuhome.cn/thread-123-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[请问各位老师在做蛋白 + 小分子复合物模拟，分别处理完蛋白拓扑、小分子 itp，然后手动合并到 topol.top 里，执行gmx grompp时直接报错，检查了好几遍文件也没找到原因。





[*]1、pdb2gmx 处理蛋白，生成蛋白拓扑
[*]2、antechamber + parmchk2 生成小分子 itp
[*]3 ...]]></description>
      <category>模型构建</category>
      <author>xhh</author>
      <pubDate>Tue, 07 Apr 2026 02:15:52 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>gromacs如何导入交联的分子结构</title>
      <link>https://www.simuhome.cn/thread-114-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[用 GROMACS 做交联聚合物模拟，怎么导入 MS 或 LAMMPS 建好的周期性交联结构？]]></description>
      <category>模型构建</category>
      <author>fengqz</author>
      <pubDate>Wed, 25 Mar 2026 03:47:10 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>求助：模拟MXene膜海水淡化过程....</title>
      <link>https://www.simuhome.cn/thread-112-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[有大佬做过模拟MXene膜海水淡化过程的吗，像图片里的这样，左腔里是水和钠离子，氯离子，右腔是纯水区，在模拟的时候还需要对左边石墨烯施加100MPa压力，右边石墨烯施加的压力是0.1MPa，能不能请教一下这是在哪一步设置的，还有就是两侧和中间的固体材料的位置需要固定 ...]]></description>
      <category>模型构建</category>
      <author>ctcs</author>
      <pubDate>Mon, 23 Mar 2026 06:27:46 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>Gromacs如何交联模拟（含视频）</title>
      <link>https://www.simuhome.cn/thread-110-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[GMXPolymer 是一款基于 GROMACS 的模拟聚合算法工具，主要用于生成非晶态聚合物的交联结构。它通过模拟聚合反应和分子动力学平衡，能高效构建出与实验数据高度一致的聚合物模型。它的核心工作方式是由代码控制一个主聚合循环，在这个循环中反复调用 GROMACS 程序进 ...]]></description>
      <category>模型构建</category>
      <author>admin</author>
      <pubDate>Thu, 19 Mar 2026 10:08:35 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>想请问各位大佬我的蛋白缺失残基和原子是用chimerax修复的，跑md这个结果理想吗？</title>
      <link>https://www.simuhome.cn/thread-99-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[想请问各位大佬我的蛋白缺失残基和原子是用chimerax修复的，跑md这个结果理想吗？?我的活性口袋在这个区域，可以不补全缺失残基的loop端进行md吗（由于这个loop很长，我生成的盒子也很大）;就是我的蛋白是同源二聚体，活性口袋也是在A链，我进行RMSD等后续分析时，是需 ...]]></description>
      <category>模型构建</category>
      <author>Mirage</author>
      <pubDate>Mon, 16 Mar 2026 03:15:14 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>磷酸铝的溶剂化模型搭建</title>
      <link>https://www.simuhome.cn/thread-96-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[通过去除磷酸铝晶胞周期性构建了磷酸铝结构，使整体电荷为0，有两个问题：
1.磷酸铝为离子晶体在取消周期性时按照化学计量比不做羟基饱和处理，但是在跑几何优化时其中一个Al和O连接了，正常是配位，请问这个情况可能是什么原因造成的？直接删除该键对结果有影响吗？
2. ...]]></description>
      <category>模型构建</category>
      <author>阿布拉卡</author>
      <pubDate>Sat, 14 Mar 2026 15:20:23 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>运行gromacs时候出现下面错误：One or more water molecules can not be settled ...</title>
      <link>https://www.simuhome.cn/thread-68-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[我在运行gromacs时候出现下面错误：One or more water molecules can not be settled ... Fmax = inf。请问大家应该如何解决呢？]]></description>
      <category>模型构建</category>
      <author>xiaopacai</author>
      <pubDate>Tue, 10 Mar 2026 06:26:15 +0000</pubDate>
    </item>
  </channel>
</rss>