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    <title>模拟之家-SimuHome - 模型构建</title>
    <link>https://www.simuhome.cn/forum-4-1.html</link>
    <description>Latest 20 threads of 模型构建</description>
    <copyright>Copyright(C) 模拟之家-SimuHome</copyright>
    <generator>Discuz! Board by Comsenz Inc.</generator>
    <lastBuildDate>Tue, 29 Sep 2026 22:19:21 +0000</lastBuildDate>
    <ttl>60</ttl>
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      <title>模拟之家-SimuHome</title>
      <link>https://www.simuhome.cn/</link>
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    <item>
      <title>GROMACS跑蛋白加DNA的体系结构优化之后，DNA在pymol中显示不完整</title>
      <link>https://www.simuhome.cn/thread-274-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[整理一个模型构建阶段的问题，重点是体系怎么搭更合理。

选用的amber14sb的力场跑动力学优化。但是跑完100ns之后，把gro转成pdb文件，DNA的显示就不完整（断裂或者断裂重叠）

主要想确认：这类体系用什么建模流程更稳妥，前处理阶段需要特别注意什么？ ...]]></description>
      <category>模型构建</category>
      <author>模小助</author>
      <pubDate>Tue, 29 Sep 2026 06:05:02 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>油-水-表面活性剂体系如何建模以定量分析表活剂浓度对界面张力的影响？</title>
      <link>https://www.simuhome.cn/thread-271-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[这个案例还在前处理/建模阶段，想先把构建思路确认清楚。

目前准备用GROMACS模拟正癸烷（C10）-水（H2O）-十二烷基苯磺酸钠（SDBS）体系，定量分析SDBS浓度对C10-H2O界面张力的影响，希望模拟结果能和旋转滴界面张力仪的测试结果相吻合。我对于模型的建立有一些疑惑和 ...]]></description>
      <category>模型构建</category>
      <author>模小助</author>
      <pubDate>Mon, 28 Sep 2026 06:25:02 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>gmx跑蛋白-小分子的md时是否需要将小分子用量化计算后再跑？</title>
      <link>https://www.simuhome.cn/thread-263-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[整理一个模型构建阶段的问题，重点是体系怎么搭更合理。

准备跑蛋白-小分子化合物的md，从rcsb下载的复合物文件（其中包含蛋白-化合物小分子.PDB），不确定是否需要在ligand的准备阶段用量化的方式把化合物优化一下。之前看过一个nature chemical biology的文章，将lig ...]]></description>
      <category>模型构建</category>
      <author>模小助</author>
      <pubDate>Fri, 25 Sep 2026 12:10:02 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>如何根据蛋白的生物特性计算建模需要的参数？</title>
      <link>https://www.simuhome.cn/thread-259-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[这个案例还在前处理/建模阶段，想先把构建思路确认清楚。

在最近学的东西算在分子动力学范畴，但是没有学的那么难；我用matlab做，需求就是根据已有的实验数据拟合一些符合特定蛋白生物特性的动力学参数，比如：激活速率常数、失活速率常数、与其他蛋白的结合常数等等 ...]]></description>
      <category>模型构建</category>
      <author>模小助</author>
      <pubDate>Thu, 24 Sep 2026 06:45:02 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>气体+表面活性剂+水的多组分体系，适合粗粒化还是全原子模型？</title>
      <link>https://www.simuhome.cn/thread-247-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[把一个建模路线问题整理出来，看看大家会怎么处理。

想问问体系为气相1+气相2+表面活性剂+水，目标是研究这两种气相在该体系中的分散行为

主要想确认：这类体系用什么建模流程更稳妥，前处理阶段需要特别注意什么？ ...]]></description>
      <category>模型构建</category>
      <author>模小助</author>
      <pubDate>Sun, 20 Sep 2026 12:15:03 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>如何模拟有机分子从无序到有序的自组装过程？</title>
      <link>https://www.simuhome.cn/thread-241-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[把一个建模路线问题整理出来，看看大家会怎么处理。

我目前研究的课题是一类能够自组装形成有序的柱状pi-pi堆积的有机分子材料，希望通过GROMACS模拟这样有序的自组装过程。然而在模拟过程中我首先利用packmol在立方体盒子中放置了几十个分子，没有加入溶剂分子的情况 ...]]></description>
      <category>模型构建</category>
      <author>模小助</author>
      <pubDate>Fri, 18 Sep 2026 13:15:02 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>模拟金属离子和蛋白质时使用哪种模型</title>
      <link>https://www.simuhome.cn/thread-235-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[这个案例还在前处理/建模阶段，想先把构建思路确认清楚。

最近刚刚接触分子模拟，导师想让我研究金属离子对蛋白质的作用或者是对其结构功能的影响。金属离子用的是Cu2+Cd2+和Mn2+，蛋白质是一类载脂蛋白，结构是通过同源建模得到的，它没有直接的金属离子结合位点，我 ...]]></description>
      <category>模型构建</category>
      <author>模小助</author>
      <pubDate>Wed, 16 Sep 2026 11:45:02 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>模拟结束后如何进行脂质膜中脂质分子的构象筛选和头部面积计算？</title>
      <link>https://www.simuhome.cn/thread-226-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[把一个建模路线问题整理出来，看看大家会怎么处理。

我使用的genmixmem建模了一个脂质双分子层，由50%的分子A（我自己合成的脂质分子），40%胆固醇和10%DPPC构成，模拟结束后有两个问题：1. 我希望得到平衡后A的主要构象，比如提取模拟的最后10 ns，总共得到5000帧，此 ...]]></description>
      <category>模型构建</category>
      <author>模小助</author>
      <pubDate>Sun, 13 Sep 2026 12:00:02 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>GROMACS模拟解金属离子对蛋白与配体结合的结果分析的问题</title>
      <link>https://www.simuhome.cn/thread-220-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[把一个建模路线问题整理出来，看看大家会怎么处理。

最近在分子动力学模拟过程中遇到了一些问题。就是想通过在模拟系统当中添加不同的金属离子，来了解金属离子对蛋白与配体结合的影响，模拟系统中包括蛋白，金属离子，配体小分子

主要想确认：这类体系用什么建模流程 ...]]></description>
      <category>模型构建</category>
      <author>模小助</author>
      <pubDate>Fri, 11 Sep 2026 12:15:02 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡？</title>
      <link>https://www.simuhome.cn/thread-213-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[这个话题在实际模拟里经常会碰到，简单整理几个关键点。

拟是否达到了平衡On the judgement whether molecular dynamics simulation has reached equilibrium 小分子液体水、乙醇、尿素等小分子液态体系的模拟相对来说很容易达到平衡

涉及的命令：


大家如果做过类似 ...]]></description>
      <category>模型构建</category>
      <author>模小助</author>
      <pubDate>Wed, 09 Sep 2026 07:05:02 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>MS 导出 LAMMPS data 文件，含 U 等非常规元素，力场缺失该怎么处理</title>
      <link>https://www.simuhome.cn/thread-202-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[我在用 Materials Studio 建模后导出 LAMMPS data 文件，遇到了力场和文件解读的问题，想请教一下大家。我的模型里含有 U 元素以及其他非常规元素，PCFF 力场中并没有这些元素的相关参数。这种力场参数缺失的情况下，通过 MS 导出再转成的 LAMMPS data 文件，还能正常使 ...]]></description>
      <category>模型构建</category>
      <author>ysdqxbsn</author>
      <pubDate>Thu, 04 Jun 2026 07:39:00 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>OPC 四点水模型与水合氢离子（H₃O⁺）混用问题，如何构建兼容的 H₃O⁺模型？</title>
      <link>https://www.simuhome.cn/thread-197-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[我在构建分子模拟体系时遇到了一个关键问题，想请教大家：

我选用了OPC 四点水模型（氧原子 O + 两个氢原子 H + 一个质量 less 电荷位点 M，共 4 个位点），现在需要用水合氢离子（H₃O⁺）来平衡体系电荷。但发现 OPC 水模型的特殊性，产生了两个核心疑问：
能否直接 ...]]></description>
      <category>模型构建</category>
      <author>epvndxz</author>
      <pubDate>Wed, 03 Jun 2026 08:42:09 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>请问怎么判断分子间距在合理范围</title>
      <link>https://www.simuhome.cn/thread-196-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[我在构建分子仿真体系时，看到有建议说可以把仿真密度设得稍低于实际材料密度，以此保证分子间距在合理范围。有哪些方法可以直观 / 定量判断体系中分子间距是否合理？希望各位大佬能给点经验和判断标准，非常感谢！





































 ...]]></description>
      <category>模型构建</category>
      <author>iqehkztd</author>
      <pubDate>Tue, 02 Jun 2026 05:45:10 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>求助：CCDC 1495519 有机晶体 CIF 导入 MS 异常（硝基键级错 / 原子重叠），如何正确</title>
      <link>https://www.simuhome.cn/thread-191-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[我在CCDC 数据库下载了编号1495519的有机晶体 CIF 文件，导入 Materials Studio（MS）后出现两个关键问题，怀疑文件或导入方式有问题，同时不清楚如何从零搭建标准有机晶体模型，特此求助：

当前问题（CIF 导入 MS 后异常）

[*]硝基键级显示错误：硝基（-NO₂）本应是 ...]]></description>
      <category>模型构建</category>
      <author>lswdteu</author>
      <pubDate>Fri, 29 May 2026 01:49:02 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>反式 β 折叠短肽自组装纳米管该如何建模？</title>
      <link>https://www.simuhome.cn/thread-190-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[各位做多肽自组装、分子模拟建模的大佬好！我研究的是反式 β 折叠短肽堆叠形成的纳米管状结构，目前已经成功构建出单个短肽的结构，现在卡在后续组装建模的步骤，实在搞不定，特来求助大家：我需要把单个短肽分子，按照参考图的结构先构建成环形矩阵，再纵向堆叠成完 ...]]></description>
      <category>模型构建</category>
      <author>atfvtxd</author>
      <pubDate>Thu, 28 May 2026 06:32:42 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>分子模拟与计算化学相关的粗粒化组装成球的细节问题问题咨询</title>
      <link>https://www.simuhome.cn/thread-180-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[求助，粗粒化怎么区分囊泡（空心）和胶束（实心）？，想咨询各位老师该问题的出现原因与解决办法]]></description>
      <category>模型构建</category>
      <author>YangJiu_666</author>
      <pubDate>Fri, 22 May 2026 03:47:00 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>分子模拟与计算化学相关的forcite模块，小分子不与磷脂膜作用问题咨询</title>
      <link>https://www.simuhome.cn/thread-179-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[我是想看有机小分子在膜法向上的分布，判断它和膜的亲和力。建的一个长方体盒子，单层磷脂层放在底部，头部朝z轴尾部加限制，forcite跑动力学发现部分水分子结合在磷脂头部，而有机小分子形成水化层不与膜结合，希望能得到解答。初次发帖，初次计算，请多包涵。，想咨询 ...]]></description>
      <category>模型构建</category>
      <author>LiuBa_999</author>
      <pubDate>Fri, 22 May 2026 03:17:00 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>双层PTFE聚合物摩擦模拟的载荷换算与摩擦力计算方法</title>
      <link>https://www.simuhome.cn/thread-172-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[想请教一下有相关经验的前辈，在做双层聚合物的摩擦模拟时，宏观上给出的载荷参数要怎么换算成可以施加给原子或者原子组的力？比如有文献里给包含620个原子的上层滑块模型施加了1.78MPa的载荷，文中给出的13.993e-4 kcal/(mol·angstrom)这个力的数值是怎么计算出来的？ ...]]></description>
      <category>模型构建</category>
      <author>hansu</author>
      <pubDate>Thu, 21 May 2026 14:40:00 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>含离子的水溶液体系中水的蒸发焓计算方法</title>
      <link>https://www.simuhome.cn/thread-171-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[想请问一下，如果我模拟的是含有离子的水溶液体系，想要用gromacs软件单独计算出体系中水的蒸发焓，应该怎么进行操作和处理？]]></description>
      <category>模型构建</category>
      <author>xiaoqiu</author>
      <pubDate>Thu, 21 May 2026 14:23:00 +0000</pubDate>
    </item>
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      <title>请问高斯 / ORCA 优化后为啥要算 RESP 电荷？对 MD 有啥用？</title>
      <link>https://www.simuhome.cn/thread-156-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[请问高斯 / ORCA 优化后为啥要算 RESP 电荷？对 MD 有啥用？]]></description>
      <category>模型构建</category>
      <author>shouss</author>
      <pubDate>Wed, 13 May 2026 06:12:03 +0000</pubDate>
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