模拟之家-SimuHome - ITP/TOP拓扑文件

求助：磷化物负载 PTFE 有机分子 + 水溶液体系能量最小化报错（原子无成键势 / 约束

gbnjbp — Tue, 02 Jun 2026 05:42:52 +0000

我在做CoNiP 磷化物基底负载 PTFE 有机分子 + 水溶液体系的分子动力学模拟，能量最小化步骤直接报错，排查很久没找到原因，特此请教！构建体系：无机磷化物（CoNiP）+ 负载的 PTFE 有机分子 + 水溶剂拓扑处理：通过 top 文件生成了CoNiP-PTFE复合体系的 itp 文件运行 ...

Gromacs 蛋白 - 锌离子 - 配体水体系能量最小化仅 107 步未收敛，配位水分子重叠（已

hoypinf — Thu, 28 May 2026 05:27:36 +0000

各位 Gromacs 大佬好！我在处理含锌离子 + 配位水分子的蛋白 - 小分子体系的能量最小化时遇到顽固问题，尝试修改后仍未解决，特此求助：一、核心问题 [*]能量最小化仅运行107 步就提前停止，未达到 Fmax < 100 的收敛标准； [*]能量最小化输出的 gro 构象中，配位水 ...

分子模拟力场选择的相关问题咨询

ZhaoLiu_xyz — Fri, 22 May 2026 02:17:00 +0000

我想用amber做一个羰基化酶和DNA复合物的MD，DNA中关键位点是一个次黄嘌呤，但是选择DNA.OL15和DNA.bsc1力场时没有对ATCG以外残基的描述。请问大家一般做有修饰碱基的DNA一般用什么力场呢？，想咨询各位老师该问题的出现原因与解决办法 ...

分子模拟中缺失的力场参数的获取与处理方案咨询

LiHua_888 — Fri, 22 May 2026 00:47:00 +0000

各位老师好，我想用Sobtop生成碳酸钙的itp文件，但是当我将文献中提供的参数（参数见图）都添加到Sobtop力场库并按照二氧化硅例子的itp文件处理方式生成后，还缺少Ca-O的bond项、O-Ca-O的angle项、O-Ca-Ca-O的dihedral项等等。这些力场参数也没有呀，是可以直接忽略在gm ...

基于Martini力场的蛋白质粗粒化建模方法

EchoMist — Thu, 21 May 2026 06:59:05 +0000

想要了解如何基于Martini粗粒化力场，对分子量较大的蛋白质分子进行粗粒化建模，具体的操作步骤和注意事项是什么？

TIP3P水模型itp文件中键角项数量异常的原因与参数优先级

LunarWave — Thu, 21 May 2026 04:49:11 +0000

想请教各位前辈，TIP3P、TIP4P、SPC这些常见的水模型，它们的itp文件里的键角项为什么会有4个？按照常理来说应该只有2个才对。虽然这4个键角参数是两两相同的，但如果出现参数不一致的情况，应该以后面两个参数为准，还是前面两个？感谢各位前辈的解答！ ...

求助！！！！！！！！Zeo++画连通性拓步结构的问题

lucksanmu — Mon, 11 May 2026 07:46:16 +0000

在画图的时候不知道自己计算的不合适还是什么情况，按照老师的教程操作得到的是全是点点不是自己想到的，之前让ai给了一个代码全是线条，且调整探针的半径结果不会改变

执行晶胞定义时，出现警告：“WARNING: Bad box in file complex.gro”，这是什么原因

kuaij — Thu, 30 Apr 2026 02:07:54 +0000

执行晶胞定义时，出现警告：“WARNING: Bad box in file complex.gro”，这是什么原因？

GROMOS 53A6 和 ATB 默认用的 GROMOS 54A7 力场差别大吗？跑 MD 的话，最终结果会不会

xuanyx — Thu, 30 Apr 2026 02:01:55 +0000

GROMOS 53A6 和 ATB 默认用的 GROMOS 54A7 力场差别大吗？跑 MD 的话，最终结果会不会差很多？

通过 ATB 网站构建小分子的拓扑文件后，执行以下 grompp 命令：gmx grompp -f em.mdp

xuanyx — Thu, 30 Apr 2026 02:01:01 +0000

通过 ATB 网站构建小分子的拓扑文件后，执行以下 grompp 命令：gmx grompp -f em.mdp -c solv.gro -r solv.gro -p topol.top -o ions.tpr -maxwarn 4运行时出现报错. ERROR 1 [file NAD_8BBB_GROMACS_G54A7FF_allatom.itp, line 65]: Atomtype HS14 not found 在请问： ...

求组：关于金属铋的力场

Lisy — Wed, 22 Apr 2026 01:37:43 +0000

请问金属铋有合适的力场来跑gromacs模拟吗

模拟一个小分子在PMMA聚合物中的环境,如何确定初始结构以及初始的参数?

fens — Thu, 16 Apr 2026 06:50:13 +0000

模拟一个小分子在PMMA聚合物中的环境，目前有小分子的结构和pmma的线性结构，有聚合物和小分子的top文件，目前我不知道应该如何确定初始结构以及初始的参数，使得pmma分子在分子动力学模拟的过程中发生卷曲并把小分子包裹住？请大佬赐教 ...

复合物体系拓扑合并后，Total charge 不为整数，grompp 警告

sshipi — Wed, 15 Apr 2026 06:14:35 +0000

合并蛋白拓扑和小分子 itp 后，运行 grompp 提示体系总电荷不是整数，虽然不直接终止，但后续加离子和模拟都不太稳??

TOP 文件力场包含顺序不对，出现 Missing proper dihedrals

zchux — Wed, 15 Apr 2026 06:11:09 +0000

TOP 文件力场包含顺序不对，出现 Missing proper dihedrals,手动编辑 top 文件时，把自己的 itp 写在了力场 include 前面，结果 grompp 提示缺少二面角参数，拓扑无法继续。

多次 include ITP 文件，出现 Duplicate moleculetype 重复定义

ehsw — Wed, 15 Apr 2026 06:07:09 +0000

在写 top 文件时不小心多次 #include 同一个配体 itp，运行后提示分子类型重复定义，删掉一个 include 后还是报错，不清楚是不是还有其他地方重复定义。

小分子 ITP 导入后报错：Undefined atom type

renee — Wed, 15 Apr 2026 06:03:13 +0000

单独生成小分子拓扑文件没问题，把 itpinclude 进 topol.top 后，执行 gmx grompp 直接报错，提示原子类型未定义，检查了好几遍拼写都没问题，不知道哪里出问题。

石墨烯和Ti3C2的ITP参数

sxugm — Tue, 07 Apr 2026 02:46:25 +0000

求大佬指教：我做的模型大致如下（海水淡化）：石墨烯| 海水区 | MXene | 纯水区 | 石墨烯，海水区模拟的是0.5M的海水（2770H2O+23Na+和23Cl-），纯水区添加了717个H2O，MXene材料用的是Ti3C2，在写ITP文件的时候，石墨烯和Ti3C2需要写入成键参数吗？对于Na+和Cl-的itp ...

GROMACS 拓扑报错：ITP 文件找不到 / 重复定义分子类型

reac — Fri, 03 Apr 2026 02:03:56 +0000

新手刚接触拓扑编辑，在整合蛋白和配体 ITP 文件时遇到两个报错，要么说找不到文件，要么说分子类型重复，实在搞不懂，求大佬解惑！ ERROR 1 [file topol.top, line 12]: Include file \'ligand.itp\' not found ERROR 1 [file ligand.itp, line 5]: Duplicate mole ...

GROMACS 运行报错：Undefined atom type 原子类型未定义

reac — Fri, 03 Apr 2026 02:02:41 +0000

环境：GROMACS 2023.4，Linux 系统，小分子配体拓扑文件各位大佬好，我用 Antechamber 生成了小分子 ITP 拓扑文件，编辑好 TOP 主文件后，运行gmx grompp命令时报错，提示原子类型未定义，检查了好几遍没找到问题，求帮忙指点！ ERROR 1 [file ligand.itp, line 28]: ...

各位老师同学有个 OPLSAA 力场的小问题想请教大家：

licheng — Wed, 25 Mar 2026 04:10:42 +0000

各位老师同学请教：我的研究领域常用 OPLSAA 力场，文献里补充资料提到电荷是用高斯拟合的。想确认两个问题： 1）用 ligpargen 生成 itp 时，能直接把自动生成的电荷换成高斯拟合的吗？ 2）sobtop 软件默认能输出 GAFF、AMBER 力场的 itp，这些文件里的电荷数据，能直接 ...