模拟之家-SimuHome - ITP/TOP拓扑文件

带结晶水的GROMACS模拟后结晶水断键

模小助 — Mon, 28 Sep 2026 12:55:02 +0000

整理一个 ITP/TOP 相关问题，重点看参数和连接方式是否合理。近一段时间在研究带结晶水的蛋白配体相互作用的动力学模拟问题，结晶水涉及到与配体蛋白的氢键问题故保留。蛋白结晶水一起用pdb2gmx生成拓扑文件，配体用acpype生成拓扑文件，同时生成配体限制势并将Multi ...

posre.itp怎么使用？

模小助 — Sat, 26 Sep 2026 12:40:02 +0000

拓扑处理这里有个容易踩坑的细节，拿出来讨论一下。我在模拟多肽和膜体系，需要先控制膜不动。膜是由42个DMPC 和 14个DMPG构成的，我分别用pdb2gmx得到了DMPC和DMPG各自的itp和posre.itp文件关键命令：主要想确认：posre.itp怎么使用？ ...

如何解决石墨烯在聚合物体系中表现得太柔软的问题呢？

模小助 — Thu, 24 Sep 2026 13:05:02 +0000

整理一个 ITP/TOP 相关问题，重点看参数和连接方式是否合理。我石墨烯的top文件如何设置能够表现得刚性一些呢？我用了oplsaa力场，使用x2top得到的top文件主要想确认：如何解决石墨烯在聚合物体系中表现得太柔软的问题呢？ ...

警告，范德华半径未指定

模小助 — Wed, 23 Sep 2026 07:15:02 +0000

整理一个 ITP/TOP 相关问题，重点看参数和连接方式是否合理。这是我的命令echo 6 | #选择的AMBER99SB-ILDN 力场在最后一个命令时，有一个警告Initialising inter-atomic distances...WARNING: Masses and atomic (Van der Waals) radii will be guessedbased on resi ...

溶液/溶质分子的力场与主top中Include的力场冲突

模小助 — Mon, 21 Sep 2026 12:15:03 +0000

这个案例主要卡在拓扑和力场设置，关键信息如下。及我的电解液体系包含有有机分子及锂盐分子，都是通过top基于GAFF力场产生的itp文件，但是我通过分子动力学与GROMACS程序培训班讲义了解到对于电解液体系使用KBFF力场更好（此处有个小问题，对电解液体系是使用KBFF更 ...

溶剂化遇到原子名称和力场规范不匹配问题怎么解决？

模小助 — Sat, 19 Sep 2026 12:45:02 +0000

整理一个 ITP/TOP 相关问题，重点看参数和连接方式是否合理。 WARNING: Masses and atomic (Van der Waals) radii will be guessedbased on residue and atom names, since they could not bedefinitively assigned from the information in your inputfiles. These gu ...

含铁硫簇蛋白结构优化问题咨询

模小助 — Thu, 17 Sep 2026 11:45:02 +0000

整理一个 ITP/TOP 相关问题，重点看参数和连接方式是否合理。我研究的蛋白为活性SAM酶，含4Fe-4S 和2Fe-2S，做分子模拟时一直不知道怎么获得拓扑结构，看到 moleculetype ]，将之和铁硫簇部分的[ moleculetype ]都引入主top里，把铁硫簇和配位残基的原子电荷替换为前 ...

AMBER99SB-ILDN 力场的ions.mdp文件怎么写？

模小助 — Tue, 15 Sep 2026 12:50:02 +0000

这个案例主要卡在拓扑和力场设置，关键信息如下。想将设计的蛋白质疫苗序列与TLR受体做分子动力学模拟，由于都是蛋白质，就都放到一个PDB文件里做的，采用的AMBER99SB-ILDN 力场，TIP3P水模型，没有找到这个力场的ions.mdp文件，现在用的这个输入后不能用。下有没有AM ...

用glycam力场建模后溶剂化怎么给水分子赋予力场？

模小助 — Mon, 14 Sep 2026 11:45:02 +0000

拓扑处理这里有个容易踩坑的细节，拿出来讨论一下。我是用GROMACS模拟多糖水溶液，用的Glycam06力场，Glycam06力场没有GROMACS格式的力场文件，所以我用ambertools生成坐标和拓扑文件后再转换为GROMACS的gro和top文件，然后建盒子、溶剂化，我想用tip3p水，一开始我 ...

低共熔溶剂模拟中遇到的问题

模小助 — Thu, 10 Sep 2026 11:45:02 +0000

整理一个 ITP/TOP 相关问题，重点看参数和连接方式是否合理。参考文献 Supplementary Fig. 3. Solvent accessible surface area (SASA) of catechin molecules in different solvents varied from 0 ns to 100 ns and corresponding average SASA recorded from 40 ns ...

低共熔溶剂模拟方法问题

模小助 — Mon, 07 Sep 2026 09:23:57 +0000

这个案例主要卡在拓扑和力场设置，关键信息如下。最近在学低共熔溶剂的提取机理，参考文献拟参考上述方法，构建氯化胆碱-乙二醇-水体系，其中加入咖啡酸分子进行模拟。packmol构建12*12*12盒子，加入2200个水分子，800个胆碱阳离子，800个氯离子，乙二醇800个，咖啡 ...

VMD 脚本统计指定 Z 区间氢键，脚本调试与运行问题求助

oeupsgp — Thu, 11 Jun 2026 03:45:46 +0000

使用 VMD 做轨迹分析的朋友大家好。目前需要统计轨迹1~2000 帧内，Z 轴 26~54 Å区间中，水分子（WATE）为氢键给体、SDS（1SDS）为受体的氢键数量。我参考现有脚本做了改写，但运行后没有输出结果，不清楚问题出在哪。附上我修改后的脚本：我的操作方式：打开 V ...

grompp 报错体系总电荷非零，手动核算与软件结果偏差大求排查

coyvdhx — Thu, 11 Jun 2026 03:12:31 +0000

我在整合体系拓扑时遇到了电荷统计异常的问题，反复核对数值仍找不到原因，特此求助。我搭建的体系包含 A、B 两种分子，为适配模拟需求，手动编辑了二者 itp 文件内 [atoms] 字段的原子电荷。单独累加后，单个 A 分子总电荷为 0.0001 e，单个 B 分子总电荷为 - 0.0000 ...

CO₂- 水体系交叉相互作用参数修改 GROMACS 实操求助

alskxi — Thu, 04 Jun 2026 06:44:32 +0000

在做二氧化碳 - 水体系的模拟，参考了相关文献，遇到了力场参数修改的核心问题，自己琢磨不透，来向大家请教！文献中采用的组合是：水模型 TIP4P/ICE + 二氧化碳 TraPPE 力场，并且对二氧化碳 - 水分子之间的交叉相互作用参数做了修正（添加了修正因子 χ，调整了 CO ...

蒙脱土拓扑文件获取全攻略

npttbo — Wed, 03 Jun 2026 08:46:11 +0000

最近在做蒙脱土相关的体系，需要用到蒙脱土的拓扑文件（itp/top），自己找了一圈没找到合适的，也不太清楚该怎么生成。想请教一下大家： [*]蒙脱土的拓扑文件在哪里可以直接下载到现成的？ [*]如果自己构建的话，用什么工具、什么力场比较合适？ [*]有没有适合 GROM ...

求助：磷化物负载 PTFE 有机分子 + 水溶液体系能量最小化报错（原子无成键势 / 约束

gbnjbp — Tue, 02 Jun 2026 05:42:52 +0000

我在做CoNiP 磷化物基底负载 PTFE 有机分子 + 水溶液体系的分子动力学模拟，能量最小化步骤直接报错，排查很久没找到原因，特此请教！构建体系：无机磷化物（CoNiP）+ 负载的 PTFE 有机分子 + 水溶剂拓扑处理：通过 top 文件生成了CoNiP-PTFE复合体系的 itp 文件运行 ...

Gromacs 蛋白 - 锌离子 - 配体水体系能量最小化仅 107 步未收敛，配位水分子重叠（已

hoypinf — Thu, 28 May 2026 05:27:36 +0000

各位 Gromacs 大佬好！我在处理含锌离子 + 配位水分子的蛋白 - 小分子体系的能量最小化时遇到顽固问题，尝试修改后仍未解决，特此求助：一、核心问题 [*]能量最小化仅运行107 步就提前停止，未达到 Fmax < 100 的收敛标准； [*]能量最小化输出的 gro 构象中，配位水 ...

分子模拟力场选择的相关问题咨询

ZhaoLiu_xyz — Fri, 22 May 2026 02:17:00 +0000

我想用amber做一个羰基化酶和DNA复合物的MD，DNA中关键位点是一个次黄嘌呤，但是选择DNA.OL15和DNA.bsc1力场时没有对ATCG以外残基的描述。请问大家一般做有修饰碱基的DNA一般用什么力场呢？，想咨询各位老师该问题的出现原因与解决办法 ...

分子模拟中缺失的力场参数的获取与处理方案咨询

LiHua_888 — Fri, 22 May 2026 00:47:00 +0000

各位老师好，我想用Sobtop生成碳酸钙的itp文件，但是当我将文献中提供的参数（参数见图）都添加到Sobtop力场库并按照二氧化硅例子的itp文件处理方式生成后，还缺少Ca-O的bond项、O-Ca-O的angle项、O-Ca-Ca-O的dihedral项等等。这些力场参数也没有呀，是可以直接忽略在gm ...

基于Martini力场的蛋白质粗粒化建模方法

EchoMist — Thu, 21 May 2026 06:59:05 +0000

想要了解如何基于Martini粗粒化力场，对分子量较大的蛋白质分子进行粗粒化建模，具体的操作步骤和注意事项是什么？