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    <title>模拟之家-SimuHome - 模拟报错</title>
    <link>https://www.simuhome.cn/forum-2-1.html</link>
    <description>Latest 20 threads of 模拟报错</description>
    <copyright>Copyright(C) 模拟之家-SimuHome</copyright>
    <generator>Discuz! Board by Comsenz Inc.</generator>
    <lastBuildDate>Wed, 03 Jun 2026 05:22:55 +0000</lastBuildDate>
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      <title>模拟之家-SimuHome</title>
      <link>https://www.simuhome.cn/</link>
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      <title>请教，石墨炔纳米管建模</title>
      <link>https://www.simuhome.cn/thread-192-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[您好，求石墨炔纳米管的结构文件和建模方法]]></description>
      <category>模拟报错</category>
      <author>hfbxye</author>
      <pubDate>Mon, 01 Jun 2026 03:07:56 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>Gromacs 计算分子转动能（-ekr）输出 XVG 无数据 / 出现 - nan，命令已附求解决</title>
      <link>https://www.simuhome.cn/thread-188-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[您好，我在用 Gromacs 计算分子的转动能，执行命令后输出的 XVG 文件要么完全不显示转动能随时间的变化曲线，要么数据列直接出现 - nan，计算结果完全无法使用。

我使用的命令：
gmx_mpi traj -s em.tpr -f em.trr -n index.ndx -ekr A.xvg -ekt _EKT.xvg

参数说明：
 ...]]></description>
      <category>模拟报错</category>
      <author>xtocjdnz</author>
      <pubDate>Wed, 27 May 2026 04:04:56 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>请教make_ndx不能创建新的组</title>
      <link>https://www.simuhome.cn/thread-185-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[您好，想请教一下各位前辈一个简单的疑问，我初次接触分子动力学，需要模拟蛋白质和小分子配体的反应。目前已经到gmx make_ndx -f pr.gro 这个步骤，但是怎么样都不能创建新的组，本人想将蛋白质，小分子还有铜离子构建成一个组，即1 13 14，但是当我输入命令，并没有产 ...]]></description>
      <category>模拟报错</category>
      <author>fqczlvz</author>
      <pubDate>Mon, 25 May 2026 07:41:52 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>gromacs 输出 vol 0.42 imb F 15%的含义?</title>
      <link>https://www.simuhome.cn/thread-184-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[想请教一下：gromacs 输出 vol 0.42 imb F 15%的含义是什么？0.95是加载速度吗？我观察了两个服务器不同编译方式计算同一个体系时，这个值不一样。所以在这里向各位前辈请教？]]></description>
      <category>模拟报错</category>
      <author>luozhang</author>
      <pubDate>Mon, 25 May 2026 07:11:41 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>关于请问为什么碳纳米管做能量最小化之后总是卷起来？的相关问题咨询与解决方案求助</title>
      <link>https://www.simuhome.cn/thread-181-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[在进行相关模拟计算工作时，遇到了请问为什么碳纳米管用gromacs做能量最小化之后总是卷起来的问题，在此向各位老师咨询解决方案]]></description>
      <category>模拟报错</category>
      <author>HuangShi_555</author>
      <pubDate>Fri, 22 May 2026 04:17:00 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>关于冻结原子后还会产生位移的相关问题咨询与解决方案求助</title>
      <link>https://www.simuhome.cn/thread-178-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[在做固体表面吸附模拟时，将固体部分冻结后进行NVT模拟，结果看起来固体整体的位置发生了变化，这是为什么呢？感谢解答，想咨询各位老师该问题的出现原因与解决办法]]></description>
      <category>模拟报错</category>
      <author>ChenQi_777</author>
      <pubDate>Fri, 22 May 2026 02:47:00 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>关于能量最小化出现一堆pdb的相关问题咨询与解决方案求助</title>
      <link>https://www.simuhome.cn/thread-176-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[我在模拟甲烷与水，进行能量最小化之后出现了一堆如下图的pdb，模拟能够走完，我打开一堆pdb发现结构是原来的一半，但是看轨迹就是完整的，这是什么原因呢？，想咨询各位老师该问题的出现原因与解决办法 ...]]></description>
      <category>模拟报错</category>
      <author>ZhangSan_123</author>
      <pubDate>Fri, 22 May 2026 01:47:00 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>分子模拟体系的模型构建与结构优化的相关问题咨询</title>
      <link>https://www.simuhome.cn/thread-175-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[本人在进行相关模拟计算工作时，遇到了请教各位老师各位高手，我目前想通过gromacs跑MD做周期性退火，对一个protein-protein（初始结构来自于docking，原子数约为6000）体系的pose进行采样，试图找到改进后的protein-protein相互作用pose。想请教各位老师和高手，这个做 ...]]></description>
      <category>模拟报错</category>
      <author>WangWu_abc</author>
      <pubDate>Fri, 22 May 2026 01:17:00 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>分子模拟结果文件在VMD中显示异常的问题求助</title>
      <link>https://www.simuhome.cn/thread-173-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[我用cgenff_charmm2gmx_py3_nx2.py和charmm36-jul2021.ff处理emodin.mol2，然后得到的emodin.gro，想问问各位大佬这是什么情况，想咨询各位老师该问题的出现原因与解决办法]]></description>
      <category>模拟报错</category>
      <author>XiaoMing2026</author>
      <pubDate>Fri, 22 May 2026 00:17:00 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>已添加抗衡离子但仍出现体系未中和警报的解决方法</title>
      <link>https://www.simuhome.cn/thread-168-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[大家好，我现在有一片氧化石墨烯片层，在模拟的时候需要设置y方向为周期性延展，x方向不设置周期性边界（，想请问这种情况下还可以用x2top工具来构建拓扑文件吗？对应的n2t文件应该怎么编写？谢谢大家的解答！ ...]]></description>
      <category>模拟报错</category>
      <author>AetherVibe</author>
      <pubDate>Thu, 21 May 2026 10:44:00 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>在用 GAFF 力场模拟电解液时，Li⁺和 FSI⁻会发生明显聚集，不能均匀分布在 DME 里，</title>
      <link>https://www.simuhome.cn/thread-149-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[在用 GAFF 力场模拟电解液时，Li⁺和 FSI⁻会发生明显聚集，不能均匀分布在 DME 里，请问怎么处理？]]></description>
      <category>模拟报错</category>
      <author>kuaij</author>
      <pubDate>Thu, 30 Apr 2026 02:12:04 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>用 CHARMM-GUI 搭建的纯 DPPC 脂质双分子层，在能量最小化阶段出现极大作用力.。。。</title>
      <link>https://www.simuhome.cn/thread-143-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[用 CHARMM-GUI 搭建的纯 DPPC 脂质双分子层，在能量最小化阶段出现极大作用力，直接报错终止；但同样流程构建的 POPC 膜却能正常完成能量最小化。想问：CHARMM-GUI 构建时是否本身就可能出现这类问题？遇到这种情况通常该怎么排查和解决？


 ...]]></description>
      <category>模拟报错</category>
      <author>lucks</author>
      <pubDate>Mon, 27 Apr 2026 02:21:43 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>运行mdrun提示condition:stat=cudasuccess如何解决</title>
      <link>https://www.simuhome.cn/thread-133-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[运行mdrun提示condition:stat=cudasuccess如何解决??]]></description>
      <category>模拟报错</category>
      <author>accs</author>
      <pubDate>Fri, 17 Apr 2026 02:35:34 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>我用 gmx hbond 分析氢键数量时，得到的平均氢键数异常，求助？</title>
      <link>https://www.simuhome.cn/thread-119-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[我用 gmx hbond 分析氢键数量时，得到的平均氢键数为负值且数值异常巨大，明显不符合实际情况。请问可能是什么原因导致的？具体如下：

gmx hbond -s md.tpr -f md.xtc -num pcd.xvg -tu ns -n index.ndx


出现如下情况：
Checking for overlap in atoms between Prote ...]]></description>
      <category>模拟报错</category>
      <author>moou</author>
      <pubDate>Mon, 30 Mar 2026 02:34:08 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>老师我在进行npt平衡时出现了这个问题请问是什么原因呢</title>
      <link>https://www.simuhome.cn/thread-118-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[wangzj@localhost 0329]$ gmx mdrun -deffnm npt -v
                      :-) GROMACS - gmx mdrun, 2023.2 (-:

Executable:   /data/hzwtech/gromacs-GPU-2023.2/bin/gmx_mpi
Data prefix:  /data/hzwtech/gromacs-GPU-2023.2
Working dir:  /data/wangzj/gromacs/0]]></description>
      <category>模拟报错</category>
      <author>114511</author>
      <pubDate>Mon, 30 Mar 2026 01:17:38 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>模拟报错</title>
      <link>https://www.simuhome.cn/thread-108-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[老师好，请问一下生产模拟后的盒子长成这个样子正确吗？右侧的RDF峰值和教程相反？]]></description>
      <category>模拟报错</category>
      <author>糯米糖葫芦</author>
      <pubDate>Thu, 19 Mar 2026 07:22:01 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>用 GROMACS 计算 Zn²⁺ 与小分子氧原子的 RDF，结果如何判断是否合理？</title>
      <link>https://www.simuhome.cn/thread-104-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[用 GROMACS 计算 Zn²⁺ 与小分子氧原子的 RDF，结果如何判断是否合理？]]></description>
      <category>模拟报错</category>
      <author>luxiaot</author>
      <pubDate>Wed, 18 Mar 2026 06:46:01 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>配置GPU加速时失败，提示CUDA架构不支持或版本不匹配</title>
      <link>https://www.simuhome.cn/thread-65-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[我在配置GPU加速时失败，提示CUDA架构不支持或版本不匹配。请问大家应该如何解决呢？]]></description>
      <category>模拟报错</category>
      <author>xiaopacai</author>
      <pubDate>Tue, 10 Mar 2026 06:25:09 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>安装后无法运行 gmx 命令。请问大家应该如何解决呢？</title>
      <link>https://www.simuhome.cn/thread-64-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[安装后无法运行 gmx 命令。请问大家应该如何解决呢？]]></description>
      <category>模拟报错</category>
      <author>xiaopacai</author>
      <pubDate>Tue, 10 Mar 2026 06:24:48 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>运行gromacs时候出现下面错误：There are probably atoms missing earlier in the pdb</title>
      <link>https://www.simuhome.cn/thread-63-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[我在运行gromacs时候出现下面错误：There are probably atoms missing earlier in the pdb file。请问大家应该如何解决呢？]]></description>
      <category>模拟报错</category>
      <author>xiaopacai</author>
      <pubDate>Tue, 10 Mar 2026 06:24:30 +0000</pubDate>
    </item>
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